Оценка профиля скрытых параметров модели Маркова (HMM) с использованием псевдоконтов
hmmprofestimate(Model, MultipleAlignment,'PropertyName',PropertyValue,...) hmmprofestimate(..., 'A',AValue) hmmprofestimate(..., 'Ax',AxValue) hmmprofestimate(..., 'BE',BEValue) hmmprofestimate(..., 'BDx',BDxValue)
Model | Скрытая модель Маркова, созданная с помощью функции |
| Массив последовательностей. |
A | Свойство для установки веса псевдоконута A. Значение по умолчанию |
Ax | Свойство для установки веса псевдоконта Ax. Значение по умолчанию является 20. |
BE | Свойство для установки вероятностей излучения фонового символа. Значения по умолчанию берутся из |
BMx | Свойство, чтобы задать фоновые вероятности перехода из любого состояния MATCH ([ |
BDx | Свойство, чтобы задать фоновые вероятности перехода из любого состояния DELETE ([ |
hmprofestimate (Модель, MultipleAlignment, возвращает структуру с полями, содержащими обновленные предполагаемые параметры профиля HMM. Вероятности излучения символов и перехода состояний оцениваются с помощью действительных отсчётов и взвешенных псевдоконтов, полученных с фоновыми вероятностями. Вес по умолчанию 'PropertyName', PropertyValue...)A=20, эмиссия фонового символа по умолчанию для совпадающих и вставленных состояний взята из Model.NullEmissionи вероятности перехода по умолчанию совпадают с вероятностями перехода по умолчанию, возвращаемыми hmmprofstruct.
Конструкция модели: Несколько выровненных последовательностей должны содержать заглавные буквы и штрихи, указывающие состояния MATCH и DELETE модели, согласующиеся с Model.ModelLength. Если аннотация состояния модели отсутствует, но MultipleAlignment выровнено по пространству, затем для выбора используются критерии «максимальной энтропии» Model.ModelLength состояния.
Примечание
Вероятности перехода вставки и боковой вставки не оцениваются, но после этого могут быть изменены с помощью hmmprofstruct.
hmprofestimate (..., 'A', устанавливает вес псевдоконта AValue)A = Avalue при оценке вероятностей излучения символа. Значение по умолчанию 20.
hmprofestimate (..., 'Ax' устанавливает вес псевдоконта , AxValue)Ax = Axvalue при оценке вероятностей перехода. Значение по умолчанию является 20.
hmprofestimate (..., 'BE' устанавливает вероятности излучения фонового символа. Значения по умолчанию берутся из , BEValue)Model.NullEmission.
hmprofestimate (..., 'BMx' устанавливает фоновые вероятности перехода из любого состояния MATCH ([, BMxValue)M- > M M- > I M- > D]). Значения по умолчанию берутся из hmmprofstruct.
hmprofestimate (..., 'BDx', устанавливает фоновые вероятности перехода из любого состояния DELETE ([BDxValue)D- > M D- > D]). Значения по умолчанию берутся из hmmprofstruct.