showhmmprof

Постройте скрытый профиль модели Маркова (HMM)

Синтаксис

showhmmprof(Model) showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...) showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...)

Аргументы

`Model`	Скрытая модель Маркова, созданная функцией `gethmmprof` или `pfamhmmread`.
`ScaleValue`	Свойство для выбора шкалы вероятностей. Введите одно из следующих значений: `'logprob'` - Журнал вероятностей `'prob'` - Вероятности `'logodds'` - Логарифмические коэффициенты
`OrderValue`	Свойство для определения порядка аминокислотного алфавита. Введите вектор символов или строку с 20 стандартными символами аминокислот `A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V`. Неоднозначные символы `B Z X` не разрешены.

Описание

showhmmprof(Model) Строит графики скрытой марковской модели профиля, описанной структурой Model.

showhmmprof (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает showhmmprof с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

showhmmprof(Model, ...'Scale', ScaleValue, ...)задает шкалу. Если логарифмические вероятности (ScaleValue= 'logprob'), вероятности (ScaleValue= 'prob'), или логарифмически нечетные коэффициенты (ScaleValue= 'logodds'). Для вычисления логарифмических нечетных коэффициентов вероятности нулевой модели используются для излучения символов, и равномерно распределенные переходы используются для нулевых вероятностей перехода. Значение по умолчанию ScaleValue является 'logprob'.

showhmmprof(Model, ...'Order', OrderValue, ...) задает порядок расположения символов вдоль вертикальной оси. Эта опция позволяет вам переупорядочить алфавит и сгруппировать символы в соответствии с их свойствами.

Примеры

Загрузите пример модели.
```
model = pfamhmmread('pf00002.ls');
```
Постройте график профиля.
```
showhmmprof(model, 'Scale', 'logodds')
```
Упорядочить алфавит по гидрофобности.
```
hydrophobic = 'IVLFCMAGTSWYPHNDQEKR';
```
Постройте график профиля.
```
showhmmprof(model, 'Order', hydrophobic)
```

См. также

Представлено до R2006a

Документация