Сгенерируйте случайную последовательность, полученную из скрытой марковской модели профиля (HMM)
Sequence = hmmprofgenerate(Model)
[Sequence, Profptr]
= hmmprofgenerate(Model)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Align', AlignValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...)
... = hmmprofgenerate(Model, ...'Signature', SignatureValue, ...)
Model | Скрытая модель Маркова, созданная с помощью |
AlignValue | Управление использованием заглавных букв для соответствий и строчных букв для вставленных букв. Варианты |
FlanksValue | Управление включением символов, сгенерированных состояниями FLANKING INSERT, в последовательность выхода. Варианты |
SignatureValue | Управляет возвратом наиболее вероятного пути и символов. Варианты |
Sequence = hmmprofgenerate(Model)Model. Длина, алфавит и вероятности Model хранятся в структуре. Для получения дополнительной информации об этой структуре см. hmmprofstruct.
[ возвращает вектор той же длины, что и модель профиля, указывающий на соответствующие состояния в выходе последовательности. Нулевые указатели (0) означают, что такие состояния не существуют в выход последовательности, либо потому, что они никогда не касаются (т.е. переходы из состояния BEGIN в состояния MATCH или из состояний MATCH в состояние END), либо потому, что состояния DELETE не находятся в выходе последовательности (не выровнены выходы; см. ниже).Sequence, Profptr]
= hmmprofgenerate(Model)
... = hmmprofgenerate вызывает (Model ... 'PropertyName', PropertyValue, ...)hmmprofgenerate с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Align', AlignValue, ...)Align является trueпоследовательность выхода выравнивается по модели следующим образом: заглавные буквы и штрихи соответствуют состояниям MATCH и DELETE соответственно (объединенное количество равно количеству состояний в модели). Строчные буквы излучаются состояниями INSERT или FLANKING INSERT. Если AlignValue является false, выходы являются последовательностью заглавных символов. Значение по умолчанию true.
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Flanks', FlanksValue, ...)Flanks является trueпоследовательность выхода включает символы, сгенерированные состояниями FLANKING INSERT. Значение по умолчанию false.
... = hmmprofgenerate( если Model, ...'Signature', SignatureValue, ...)SignatureValue является true, возвращает наиболее вероятный путь и символы. Значение по умолчанию false.
load('hmm_model_examples','model_7tm_2') % load a model example
rand_sequence = hmmprofgenerate(model_7tm_2)