Оцените изоэлектрическую точку для аминокислотной последовательности
pI = isoelectric(SeqAA)
[pI Charge] = isoelectric(SeqAA)
isoelectric(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
isoelectric(..., 'PKVals', PKValsValue)
isoelectric(..., 'Charge', ChargeValue)
isoelectric(..., 'Chart', ChartValue)
SeqAA | Аминокислотная последовательность. Введите вектор символов, строку или вектор целых чисел из таблицы Сопоставление кодов Буквы аминокислот с целыми числами. Примеры: 'ARN' или [1 2 3]. |
PKValsValue | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла PK файла, содержащего таблицу значений pK для аминокислот, которая.isoelectric используется для оценки изоэлектрической точки (pI) аминокислотной последовательности. Для примера формата файла PK введите edit Emboss.pK в MATLAB® командная строка. |
ChargeValue | Свойство для выбора определенного pH для оценки заряда. Введите число между 0 и 14. По умолчанию это 7.2. |
ChartValue | Управляет графическим изображением графика заряда от pH. Введите true или false. |
pI = isoelectric(SeqAA)pI) для аминокислотной последовательности с использованием следующих значений pK:
N_term 8.6 K 10.8 R 12.5 H 6.5 D 3.9 E 4.1 C 8.5 Y 10.1 C_term 3.6
Изоэлектрическая точка является pH, при котором белок имеет чистый заряд в нуле.
[ возвращает расчетную изоэлектрическую точку (pI Charge] = isoelectric(SeqAA)pI) для аминокислотной последовательности и оцененного заряда при заданном рН (по умолчанию это типичный внутриклеточный рН 7.2).
Оценки искажаются основополагающими предположениями о том, что все аминокислоты полностью подвергаются воздействию растворителя, что соседние пептиды не влияют на pK какой-либо данной аминокислоты и что составные аминокислоты, а также N- и C-концы не модифицированы. Остатки цистеина, участвующие в дисульфидных мостиках, также влияют на истинный pI и здесь не рассматриваются. По умолчанию isoelectric использует таблицу pK аминокислот EMBOSS, или можно заменить другие значения, используя свойство PKVals.
Если последовательность содержит неоднозначные аминокислотные символы (b z * -), isoelectric игнорирует символы и отображает предупреждающее сообщение.
Warning: Symbols other than the standard 20 amino acids appear in the sequence.
Если последовательность содержит неопределенные аминокислотные символы (i j o), isoelectric игнорирует символы и отображает предупреждающее сообщение.
Warning: Sequence contains unknown characters. These will be ignored.
isoelectric(..., ' задает необязательные свойства, используя имя свойства/ значение пары.PropertyName', PropertyValue,...)
isoelectric(..., 'PKVals', использует значения pK, сохраненные в PKValsValue)PKValValues, файл, для оценки изоэлектрической точки (pI) аминокислотной последовательности. Для примера формата файла PK введите edit Emboss.pK в командной строке MATLAB.
isoelectric(..., 'Charge', возвращает предполагаемый заряд последовательности для заданного pH (ChargeValue)ChargeValue).
isoelectric(..., 'Chart', когда ChartValue)ChartValue является true, возвращает график, строящий график заряда белка от pH растворителя.
% Get a sequence from PDB.
pdbSeq = getpdb('1CIV', 'SequenceOnly', true)
% Estimate its isoelectric point.
isoelectric(pdbSeq)
% Plot the charge against the pH for a short polypeptide sequence.
isoelectric('PQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGGWGQGGSHSQG', 'CHART', true)
% Get the Rh blood group D antigen from NCBI and calculate
% its charge at pH 7.3 (typical blood pH).
gpSeq = getgenpept('AAB39602')
[pI Charge] = isoelectric(gpSeq, 'Charge', 7.38)