Exponenta Banner

aacount

Подсчет аминокислот в последовательности

Свернуть все на странице

Синтаксис

AAStruct = aacount(SeqAA)
AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Gaps', GapsValue, ...)
AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Chart', ChartValue, ...)

Входные параметры

SeqAA

Одно из следующих:

Примеры: 'ARN' или [1 2 3]

AmbiguousValue

Вектор символов или строка, задающая, как лечить неоднозначные аминокислотные символы (B, Z, или X). Варианты:

  • 'ignore' (по умолчанию) - Пропускает неоднозначные символы

  • 'bundle' - Подсчитывает неоднозначные символы и сообщает общее количество в Ambiguous поле.

  • 'prorate' - Считает неоднозначные символы и распределяет их пропорционально в соответствующих полях. Для примера счетчики для символа B распределены равномерно между D и N поля.

  • 'individual' - Считает неоднозначные символы и сообщает о них в отдельных полях.

  • 'warn' - Пропускает символы неоднозначности и отображает предупреждение.

GapsValue

Определяет, будут ли погрешности, обозначенные дефисом (-), считаются или игнорируются. Варианты true или false (по умолчанию).

ChartValue Вектор символов или строка, задающая тип графика. Варианты 'pie' или 'bar'.

Выходные аргументы

AAStructСтруктура MATLAB 1 на 1, содержащая поля для стандартных 20 аминокислот (A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, и V).

Описание

AAStruct = aacount(SeqAA) считает количество аминокислот каждого типа в SeqAA, аминокислотную последовательность и возвращает счетчики в AAStruct, структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля для стандартных 20 аминокислот (A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, и V).

  • Неоднозначные аминокислотные символы (B, Z, или X), погрешности, обозначенные дефисом (-) и конечные терминаторы строки (*) по умолчанию игнорируются.

  • Непризнанные символы игнорируются и вызывают следующее предупреждающее сообщение.

    Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.

AAStruct = aacount (SeqAA... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает aacount с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...) задает, как лечить неоднозначные аминокислотные символы (B, Z, или X). Варианты:

  • 'ignore' (по умолчанию)

  • 'bundle'

  • 'prorate'

  • 'individual'

  • 'warn'

AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Gaps', GapsValue, ...) определяет, будут ли погрешности, обозначенные дефисом (-), считаются или игнорируются. Варианты true или false (по умолчанию).

AAStruct = aacount(SeqAA, ...'Chart', ChartValue, ...) создает график, показывающую относительные пропорции аминокислот. ChartValue можно 'pie' или 'bar'.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Используйте fastaread функция для загрузки последовательности опухолевого белка p53 человека.

p53 = fastaread('p53aa.txt')
p53 = struct with fields:
      Header: 'gi|8400738|ref|NP_000537.2| tumor protein p53 [Homo sapiens]'
    Sequence: 'MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDSD'

Подсчитайте аминокислоты в последовательности и отобразите результаты на круговой диаграмме.

count = aacount(p53,'Chart','pie');

См. также

| | | | | | | | |

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка