Примените линейное преобразование к 3-D структуре молекулы
pdbtransform(PDB, Transf)
PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf)
... = pdbtransform(...,
'ModelNum', ModelNumValue, ...)
... = pdbtransform(...,
'Segment', SegmentValue, ...)
PDB | Структура белка, представленная любым из следующих:
|
Transf | Структура MATLAB, представляющая линейное преобразование, которое применяется к координатам молекулы, представленной PDB. Transf содержит следующие поля:
Совет Можно использовать |
ModelNumValue | Положительное целое число, которое задает модель, к которой можно применить преобразование, когда |
SegmentValue | Задает степень применения линейного преобразования.
|
PDBTX | Преобразованная структура MATLAB в PDB. |
pdbtransform( применяет линейное преобразование, заданное в PDB, Transf)Transf, структура MATLAB, представляющая линейное преобразование, в координаты молекулы, представленной PDB, который может быть любым из следующих:
Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для записи структуры белка в базе данных PDB.
Переменная, содержащая структуру MATLAB в формате PDB, например, возвращенная getpdb или pdbread.
Вектор символов или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла. Файл-ссылка является файлом в формате PDB. Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке MATLAB.
PDBTX = pdbtransform(PDB, Transf)PDBTX, преобразованную структуру MATLAB в формате PDB.
... = pdbtransform (... вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)pdbtransform с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает модель, к которой следует применить преобразование, когда ... = pdbtransform(...,
'ModelNum', ModelNumValue, ...)PDB содержит несколько моделей. ModelNumValue является положительным целым числом. По умолчанию рассматривается первая модель.
... = pdbtransform(...,
'Segment', SegmentValue, ...)SegmentValue может быть либо:
'all' - Преобразование применяется ко всему входу PDB.
Вектор символов или строка, задающая контуры и цепь, которые нужно учитывать. Он использует любой из следующих форматов: 'start-stop:chain' или 'chain'. Опускание контуров указывает на всю цепь.
Создайте структуру MATLAB, которая задает линейное преобразование.
transf.T = eye(3); transf.b = 1; transf.c = [11.8 -2.8 -32.3];
Примените линейное преобразование к цепи B в структуре тиоредоксина с идентификатором PDB 2trx.
pdbtx = pdbtransform('2trx', transf, 'segment', 'B');
getpdb | molviewer | pdbread | pdbsuperpose | procrustes