pdbread

Считайте данные из файла Protein Data Bank (PDB)

Синтаксис

PDBStruct = pdbread(File) PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue) PDBStruct = pdbread(File,'TimeOut', TimeOutValue)

Входные параметры

`File`	Одно из следующих: Вектор символов или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл-ссылка является файлом в формате Protein Data Bank (PDB) (текстовый файл ASCII). Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB^® путь поиска файлов или в текущей папке MATLAB. Символьный массив или вектор-столбец строк, содержащих текст файла PDB. Совет Вы можете использовать `getpdb` функция со `'ToFile'` свойство для извлечения данных структуры белка из базы данных PDB и создания файла в формате PDB.
`ModelNumValue`	Положительное целое число, задающее модель в файле PDB.
`TimeOutValue`	Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

PDBStruct Структура MATLAB, содержащая поле для каждой записи PDB.

Описание

База данных Protein Data Bank (PDB) является архивом экспериментально определенных 3-D данных о биологической макромолекулярной структуре. Для получения дополнительной информации о формате PDB смотрите:

https://www.wwpdb.org/documentation/file-format

PDBStruct = pdbread(File) считывает данные из текстового файла PDB File и сохраняет данные в структуре MATLAB, PDBStruct, содержащее поле для каждой записи PDB. В следующей таблице представлены возможные записи PDB и соответствующие поля в структуре MATLAB PDBStruct:

Запись базы данных PDB	Поле в структуре MATLAB
`HEADER`	`Header`
`OBSLTE`	`Obsolete`
`TITLE`	`Title`
`CAVEAT`	`Caveat`
`COMPND`	`Compound`
`SOURCE`	`Source`
`KEYWDS`	`Keywords`
`EXPDTA`	`ExperimentData`
`AUTHOR`	`Authors`
`REVDAT`	`RevisionDate`
`SPRSDE`	`Superseded`
`JRNL`	`Journal`
`REMARK 1`	`Remark1`
`REMARK N` Примечание N равно от 2 до 999.	`Remarkn` Примечание n равно от 2 до 999.
`DBREF`	`DBReferences`
`SEQADV`	`SequenceConflicts`
`SEQRES`	`Sequence`
`FTNOTE`	`Footnote`
`MODRES`	`ModifiedResidues`
`HET`	`Heterogen`
`HETNAM`	`HeterogenName`
`HETSYN`	`HeterogenSynonym`
`FORMUL`	`Formula`
`HELIX`	`Helix`
`SHEET`	`Sheet`
`TURN`	`Turn`
`SSBOND`	`SSBond`
`LINK`	`Link`
`HYDBND`	`HydrogenBond`
`SLTBRG`	`SaltBridge`
`CISPEP`	`CISPeptides`
`SITE`	`Site`
`CRYST1`	`Cryst1`
`ORIGXn`	`OriginX`
`SCALEn`	`Scale`
`MTRIXn`	`Matrix`
`TVECT`	`TranslationVector`
`MODEL`	`Model`
`ATOM`	`Atom`
`SIGATM`	`AtomSD`
`ANISOU`	`AnisotropicTemp`
`SIGUIJ`	`AnisotropicTempSD`
`TER`	`Terminal`
`HETATM`	`HeterogenAtom`
`CONECT`	`Connectivity`

PDBStruct = pdbread(File, 'ModelNum', ModelNumValue) считывает только модель, заданную ModelNumValue из текстового файла в формате PDB File и сохраняет данные в структуре MATLAB PDBStruct. Если ModelNumValue не соответствует существующему номеру режима в File, затем pdbread считывает координатную информацию всех моделей.

PDBStruct = pdbread(File,'TimeOut', TimeOutValue) устанавливает тайм-аут подключения (в секундах) для чтения данных из базы данных PDB.

Поле последовательности

The Sequence поле также является структурой, содержащей информацию о последовательности в следующих подполях:

NumOfResidues
ChainID
ResidueNames - Содержит трехбуквенные коды для остатков последовательности.
Sequence - Содержит коды одной буквы для остатков последовательности.

Примечание

Если последовательность имеет измененные остатки, то ResidueNames подполе может не соответствовать стандартным трехбуквенным аминокислотным кодам. В этом случае Sequence подполе будет содержать модифицированный код остатка в положении, соответствующем модифицированному остатку. Модифицированный код остатка приведен в ModifiedResidues поле.

Поле модели

The Model поле также является структурой или массивом структур, содержащих информацию о координатах. Если структура MATLAB содержит одну модель, Model поле является структурой, содержащей информацию о координатах для этой модели. Если структура MATLAB содержит несколько моделей, Model поле является массивом структур, содержащих информацию о координатах для каждой модели. The Model поле содержит следующие подполя:

Atom
AtomSD
AnisotropicTemp
AnisotropicTempSD
Terminal
HeterogenAtom

Поле Атома

The Atom поле также является массивом структур, содержащих следующие подполя:

AtomSerNo
AtomName
altLoc
resName
chainID
resSeq
iCode
X
Y
Z
occupancy
tempFactor
segID
element
charge
AtomNameStruct - Содержит три подполя: chemSymbol, remoteInd, и branch.

Примеры

Используйте getpdb функция для извлечения информации о структуре из Protein Data Bank (PDB) для белка никотинового рецептора с идентификатором 1abt, а затем сохраните данные в файл PDB nicotinic_receptor.pdb в текущей папке MATLAB.
```
getpdb('1abt', 'ToFile', 'nicotinic_receptor.pdb');
```
Считайте данные из nicotinic_receptor.pdb файл в структуру MATLAB pdbstruct.
```
pdbstruct = pdbread('nicotinic_receptor.pdb');
```
Считайте только вторую модель из nicotinic_receptor.pdb файл в структуру MATLAB pdbstruct_Model2.
```
pdbstruct_Model2 = pdbread('nicotinic_receptor.pdb', 'ModelNum', 2);
```

Смотрите атомарную информацию о координатах в полях модели обеих структур MATLAB pdbstruct и pdbstruct_Model2.

pdbstruct.Model

ans = 

1x4 struct array with fields:
    MDLSerNo
    Atom
    Terminal

pdbstruct_Model2.Model

ans = 

    MDLSerNo: 2
        Atom: [1x1205 struct]
    Terminal: [1x2 struct]

Считайте данные из URL-адреса в структуру MATLAB, gfl_pdbstruct.
```
gfl_pdbstruct = pdbread('http://www.rcsb.org/pdb/files/1gfl.pdb');
```

См. также

Представлено до R2006a

Документация