Запись в файл в формате Protein Data Bank (PDB)
pdbwrite(File, PDBStruct)
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла для сохранения данных в формате PDB. Если вы задаете только имя файла, файл сохраняется в MATLAB® Текущая папка. Совет После сохранения структуры MATLAB в локальный файл PDB можно использовать |
PDBStruct | Структура MATLAB 3-D содержащая данные о координатах структуры белка, созданная первоначально при помощи getpdb или pdbread функций.Примечание Можно отредактировать эту структуру, чтобы изменить данные о ее 3-D структуре белка. Информация о координатах хранится в |
PDBArray | Символьный массив, в котором каждая строка соответствует линии в записи PDB. |
pdbwrite( записывает содержимое структуры MATLAB File, PDBStruct)PDBStruct в файл PDB (текстовый файл ASCII), путь и имя которого заданы File. В файле выхода File, сохраняются порядковые номера атомов. Атомарные записи координат упорядочиваются согласно их последовательным номерам атомов.
Совет
После сохранения структуры MATLAB в локальный файл PDB можно использовать molviewer функция для отображения и управления 3-D изображением структуры.
PDBArray = pdbwrite(File, PDBStruct)PDBStruct, в PDBArray, символьный массив, в котором каждая строка соответствует линии в записи PDB.
Примечание
Можно редактировать PDBStruct для изменения данных о структуре 3-D белка. Информация о координатах хранится в Model область PDBStruct.
Используйте getpdb функция для извлечения информации о структуре из Protein Data Bank (PDB) для зеленого флуоресцентного белка с идентификатором 1GFL , и храните данные в структуре MATLAB gflstruct.
gflstruct = getpdb('1GFL');Найдите x-координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X ans = -14.0930
Отредактируйте x-координата первого атома.
gflstruct.Model.Atom(1).X = -18;
Примечание
Не добавляйте и не удаляйте какие-либо Atom полей, потому что pdbwrite функция не позволяет изменять количество элементов в структуре.
Напишите измененную структуру MATLAB gflstruct в новый файл в формате PDB modified_gfl.pdb в Work папка на вашем C привода.
pdbwrite('c:\work\modified_gfl.pdb', gflstruct);Используйте pdbread функция для чтения измененного файла PDB в структуру MATLAB, затем подтвердите, что x-координата первого атома изменилась.
modified_gflstruct = pdbread('c:\work\modified_gfl.pdb')
modified_gflstruct.Model.Atom(1).X
ans =
-18