Импорт и экспорт данных
Импорт данных последовательности из публичных хранилищ и локальных файловых систем, включая FASTA, GenBank, GenPept, EMBL, BLAST, PDB, PFAM, ClustalW, GCG, PHYLIP, Newick и FASTQ. запись в различные форматы, включая FASTA, PDB и Newick
Функции
fastainfo | Возврат информации о файле FASTA |
fastaread | Считайте данные из файла FASTA |
fastawrite | Запись в файл в формате FASTA |
genbankread | Чтение данных из файла GenBank |
getgenbank | Получение информации о последовательности из базы данных GenBank |
genpeptread | Чтение данных из файла GenPept |
getgenpept | Получение информации о последовательности из базы данных GenPept |
emblread | Чтение данных из файла EMBL |
getembl | Получение информации о последовательности из базы данных EMBL |
pdbread | Считайте данные из файла Protein Data Bank (PDB) |
pdbwrite | Запись в файл в формате Protein Data Bank (PDB) |
getpdb | Получите данные структуры белка из базы данных Protein Data Bank (PDB) |
fastqinfo | Возврат информации о файле FASTQ |
fastqread | Считайте данные из файла FASTQ |
fastqwrite | Запись в файл в формате FASTQ |
multialignread | Считайте файл выравнивания нескольких последовательностей |
multialignwrite | Запись нескольких выравниваний в файл |
pfamhmmread | Считайте данные из файла в формате HMM PFAM |
gethmmprof | Извлечение скрытого профиля модели Маркова (HMM) из базы данных PFAM |
gethmmtree | Извлечение данных филогенетического дерева из базы данных PFAM |
gethmmalignment | Извлечение выравнивания нескольких последовательностей, сопоставленного со скрытым профилем модели Маркова (HMM), из базы данных PFAM |
phytreeread | Чтение файла филогенетического дерева |
phytreewrite | Запись объекта филогенетического дерева в форматированный Newick файл |
Темы
Исследование нуклеотидной последовательности с помощью командной строки
Начиная с последовательности ДНК, вычислите статистику по нуклеотидному содержимому.
Исследование нуклеотидной последовательности с помощью приложения Sequence Viewer
Используйте графический интерфейс для функций последовательности.
Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различных MATLAB® функций и импорта данных в рабочую область для последующих анализов.
