seqinsertgaps

Вставьте зазоры в нуклеотидную или аминокислотную последовательность

Синтаксис

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, Positions) NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq) NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq, Relationship)

Входные параметры

`Seq`	Одно из следующих: Вектор символов или строка, задающая нуклеотидную или аминокислотную последовательность MATLAB^® структура, содержащая `Sequence` область
`Positions`	Вектор целых чисел для задания позиций в `Seq` перед которым вставить зазор.
`GappedSeq`	Одно из следующих: Вектор символов или строка, задающая нуклеотидную или аминокислотную последовательность Структура MATLAB, содержащая `Sequence` область
`Relationship`	Целое число, задающее отношение между `Seq` и `GappedSeq`. Варианты: `1` Обе последовательности используют один и тот же алфавит, то есть обе являются нуклеотидными последовательностями или обе являются аминокислотными последовательностями. `3` — `Seq` содержит нуклеотиды, представляющие кодоны и `GappedSeq` содержит аминокислоты (по умолчанию).

Выходные аргументы

NewSeq Последовательность с вставленными зазорами, представленная вектору символов, определяющей нуклеотидную или аминокислотную последовательность.

Описание

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, Positions) вставляет погрешности в последовательность Seq перед положениями, заданными целыми числами в векторе Positions.

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq) находит положения зазоров в последовательности GappedSeq, затем вставляет погрешности в соответствующие положения в последовательности Seq.

NewSeq = seqinsertgaps(Seq, GappedSeq, Relationship) задает связь между Seq и GappedSeq. Введите 1 для Relationship когда обе последовательности используют один и тот же алфавит, то есть обе являются нуклеотидными последовательностями или обе являются аминокислотными последовательностями. Введите 3 для Relationship когда Seq содержит нуклеотиды, представляющие кодоны и GappedSeq содержит аминокислоты. По умолчанию это 3.

Примеры

Извлеките две нуклеотидные последовательности из GenBank^® база данных для белка нейраминидазы (NA) двух штаммов вируса гриппа A (H5N1).
```
 hk01 = getgenbank('AF509094');
 vt04 = getgenbank('DQ094287');
```
Экстрагируют кодирующую область из двух нуклеотидных последовательностей.
```
hk01_cds = featureparse(hk01,'feature','CDS','Sequence',true);
vt04_cds = featureparse(vt04,'feature','CDS','Sequence',true);
```
Выровнять аминокислотные последовательности, преобразованные из нуклеотидных последовательностей.
```
 [sc,al]=nwalign(nt2aa(hk01_cds),nt2aa(vt04_cds),'extendgap',1);
```
Используйте seqinsertgaps функция для копирования промежутков из выровненных аминокислотных последовательностей в соответствующие им нуклеотидные последовательности, таким образом кодон-выравнивая их.
```
 hk01_aligned = seqinsertgaps(hk01_cds,al(1,:))
 vt04_aligned = seqinsertgaps(vt04_cds,al(3,:))
```
Если вы выровняли код две последовательности, можно использовать их как вход в другие функции, такие как dnds, который вычисляет скорости синонимических и несинонимических замен кодоналегированных нуклеотидных последовательностей. Путем настройки Verbose на trueможно также отобразить кодоны, рассматриваемые в расчетах и их аминокислотных переводах.
```
[dn,ds] = dnds(hk01_aligned,vt04_aligned,'verbose',true)
```

См. также

dnds | dndsml | featureparse | int2aa | int2nt

Введенный в R2007a

Документация