seqlogo
Отобразите логотип последовательности для нуклеотидных или аминокислотных последовательностей
Синтаксис
seqlogo(Seqs)
seqlogo(Profile)
WgtMatrix =
seqlogo(...)
[WgtMatrix, Handle]
= seqlogo(...)
seqlogo(..., 'Displaylogo', DisplaylogoValue,
...)
seqlogo(..., 'Alphabet', AlphabetValue,
...)
seqlogo(..., 'Startat', StartatValue,
...)
seqlogo(..., 'Endat', EndatValue,
...)
seqlogo(..., 'SSCorrection', SSCorrectionValue,
...)
Входные параметры
Seqs | Набор парных или множительно выровненных нуклеотидных или аминокислотных последовательностей, представленных любым из следующих:
|
Profile | Матрица распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца во множественном выравнивании, например, возвращенная Размер матрицы частотного распределения:
Если были включены пробелы, |
DisplaylogoValue | Управление отображением логотипа последовательности. Варианты |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Варианты |
StartatValue | Положительное целое число, которое задает начальное положение для последовательностей в |
EndatValue | Положительное целое число, которое задает конечное положение для последовательностей в |
SSCorrectionValue | Управляет использованием небольшой выборки коррекции в оценке количества бит. Варианты |
Выходные аргументы
WgtMatrix | Массив ячеек, содержащий список символов в Seqs или Profile и весовую матрицу, используемую для графического отображения логотипа последовательности. |
Handle | Указатель на рисунок логотипа последовательности. |
Описание
seqlogo( отображает логотип последовательности для Seqs)Seqs, набор выровненных последовательностей. Логотип графически отображает сохранение последовательности в конкретном положении при выравнивании последовательностей, измеренных в битах. Максимальное сохранение последовательности на сайте log2(4) биты для нуклеотидных последовательностей и log2(20) биты для аминокислотных последовательностей. Если значение сохранения последовательности меньше нуля или отрицательное, логотип в этом положении не отображается.
seqlogo( отображает логотип последовательности для Profile)Profile, матрица распределения профиля последовательности с частотой нуклеотидов или аминокислот для каждого столбца во множестве выравниваний, таких как возвращенная seqprofile функция.
Цветовой код для нуклеотидов
| Нуклеотид | Цвет |
|---|---|
A | Зеленый |
C | Синий |
G | Желтый |
T, U | Красный |
| Другое | Фиолетовый |
Цветовой код для аминокислот
| Аминокислота | Химические свойства | Цвет |
|---|---|---|
G S T Y C Q N | Полярный | Зеленый |
A V L I P W F M | Гидрофобный | Оранжевый |
D E | Кислый | Красный |
K R H | Основной | Синий |
| Другое | — | Tan |
WgtMatrix =
seqlogo(...)Seqs или Profile, и матрица информационного веса, используемая для графического отображения логотипа.
[ возвращает указатель на рисунок логотипа последовательности. WgtMatrix, Handle]
= seqlogo(...)
seqlogo вызывает (Seqs... 'PropertyName', PropertyValue, ...)seqpdist с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
seqlogo(..., 'Displaylogo', управляет отображением логотипа последовательности. Варианты DisplaylogoValue,
...)true (по умолчанию) или false.
seqlogo(..., 'Alphabet', задает тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Варианты AlphabetValue,
...)'NT' (по умолчанию) или 'AA'.
Примечание
Если вы обеспечиваете аминокислотные последовательности для seqlogo, вы должны задать Alphabet на 'AA'.
seqlogo(..., 'Startat', задает начальное положение для последовательностей в StartatValue,
...)Seqs. Начальное положение по умолчанию 1.
seqlogo(..., 'Endat', задает конечное положение для последовательностей в EndatValue,
...)Seqs. Конечное положение по умолчанию является максимальной длиной последовательностей в Seqs.
seqlogo(..., 'SSCorrection', управляет использованием небольшой выборки коррекции в оценке количества бит. Варианты SSCorrectionValue,
...)true (по умолчанию) или false.
Примечание
Простое вычисление бит имеет тенденцию переоценивать сохранение в конкретном месте. Чтобы компенсировать эту переоценку, когда SSCorrection установлено в trueприблизительная оценка применяется как приблизительная коррекция. Эта коррекция работает лучше, когда количество последовательностей больше 50.
Примеры
Отображение логотипа последовательности для выровненных нуклеотидных последовательностей
Этот пример показывает, как отобразить логотип последовательности для набора выровненных нуклеотидных последовательностей.
Создайте ряд выровненных нуклеотидных последовательностей.
S = {'ATTATAGCAAACTA',...
'AACATGCCAAAGTA',...
'ATCATGCAAAAGGA'}
S =
1x3 cell array
{'ATTATAGCAAACTA'} {'AACATGCCAAAGTA'} {'ATCATGCAAAAGGA'}
Отобразите логотип последовательности.
seqlogo(S)
Отображение логотипа последовательности для выровненных аминокислотных последовательностей
Этот пример показывает, как отобразить логотип последовательности для набора выровненных аминокислотных последовательностей.
Создайте ряд выровненных аминокислотных последовательностей.
S2 = {'LSGGQRQRVAIARALAL',...
'LSGGEKQRVAIARALMN',...
'LSGGQIQRVLLARALAA',...
'LSGGERRRLEIACVLAL',...
'FSGGEKKKNELWQMLAL',...
'LSGGERRRLEIACVLAL'};
Отобразите логотип последовательности, задав аминокислотную последовательность и ограничив логотип позициями последовательности, 2 через 10.
seqlogo(S2, 'alphabet', 'aa', 'startAt', 2, 'endAt', 10)
Ссылки
[1] Schneider, T.D., and Stephens, R.M. (1990). Sequence Logos: Новый способ отображения консенсусных последовательностей. Исследования нуклеиновых кислот 18, 6097-6100.