Формат выхода длинной последовательности для простого просмотра
seqdisp(Seq)
seqdisp(Seq, ...'Row', RowValue,
...)
seqdisp(Seq, ...'Column', ColumnValue,
...)
seqdisp(Seq, ...'ShowNumbers', ShowNumbersValue,
...)
Seq | Нуклеотидная или аминокислотная последовательность, представленная любым из следующих:
Допускаются выровненные по множителям последовательности. Файлы FASTA могут иметь расширение файла |
RowValue | Целое число, задающее длину каждой строки. По умолчанию это 60. |
ColumnValue | Целое число, задающее ширину столбца или количество символов перед отображением пространства. По умолчанию это 10. |
ShowNumbersValue | Управление отображением чисел в начале каждой строки. Варианты true (по умолчанию) для отображения чисел или false чтобы скрыть номера. |
seqdisp( отображает последовательность строк с длиной строки по умолчанию 60 и шириной столбца по умолчанию Seq)10.
seqdisp вызывает (Seq... 'PropertyName', PropertyValue, ...)seqdisp с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
seqdisp( задает длину каждой строки для отображаемой последовательности. Seq, ...'Row', RowValue,
...)
seqdisp( задает количество букв, отображаемых перед добавлением пространства. Seq, ...'Column', ColumnValue,
...)RowValue должен быть больше и равномерно делиться на ColumnValue.
seqdisp( управляет отображением чисел в начале каждой строки. Варианты Seq, ...'ShowNumbers', ShowNumbersValue,
...)true (по умолчанию) для отображения чисел или false чтобы скрыть номера.
Считывайте информацию о последовательности из GenBank® база данных. Отобразите последовательность в строках с 50 буквами, а в строке разделите каждые 10 букв пространства.
mouseHEXA = getgenbank('AK080777');
seqdisp(mouseHEXA, 'Row', 50, 'Column', 10)
Создайте и сохраните файл FASTA с двумя последовательностями, а затем отобразите его.
hdr = ['Sequence A'; 'Sequence B'];
seq = ['TAGCTGRCCAAGGCCAAGCGAGCTTN';'ATCGACYGGTTCCGGTTCGCTCGAAN']
fastawrite('local.fa', hdr, seq);
seqdisp('local.fa', 'ShowNumbers', false')
ans =
>Sequence A
1 TAGCTGRCCA AGGCCAAGCG AGCTTN
>Sequence B
1 ATCGACYGGT TCCGGTTCGC TCGAAN
getgenbank | multialignread | multialignwrite | seqconsensus | seqlogo | seqprofile | seqshoworfs | seqviewer