seqqcplot

Создайте графики контроля качества для последовательности и данных о качестве

Свернуть все на странице

Синтаксис

seqqcplot(dataSource)
seqqcplot(dataSource,type)
seqqcplot(dataSource,type,encoding)
seqqcplot(___,Name,Value)
H = seqqcplot(___)

Описание

пример

seqqcplot(dataSource) генерирует рисунок с графиками последовательности контроля качества (QC) и данными о качестве от dataSource. Рисунок содержит следующие типы графиков контроля качества.

  • Прямоугольный график для среднего счета качества в каждой позиции последовательности

  • Штриховой график для базового состава последовательности в каждом положении последовательности

  • Гистограмма распределения счетов качества средней последовательности

  • Гистограмма распределения GC-контента

  • Гистограмма распределения длины последовательности

На рисунке можно щелкнуть на конкретном графике, чтобы открыть его в отдельном окне.

пример

seqqcplot(dataSource,type) генерирует график QC, заданный как type.

пример

seqqcplot(dataSource,type,encoding) также задает формат кодирования базового качества в вход файле.

пример

seqqcplot(___,Name,Value) использует любой из входных параметров в предыдущих синтаксисах и дополнительные опции, заданные одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.

пример

H = seqqcplot(___) возвращает указатель на рисунок H на выход рисунке.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Постройте графики контроля качества для статистики последовательности и данных о качестве из файла FASTQ.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq');

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 1658 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Постройте график только для среднего счета качества для каждой позиции последовательности.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','QualityBoxplot');

Figure contains an axes. The axes with title Quality Boxplot contains 1658 objects of type rectangle, line.

Постройте график данных качества последовательностей с минимальным средним качеством 25.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 1657 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Постройте график данных последовательностей, имеющих минимальное среднее качество 25 и минимальную длину последовательности 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','MeanQuality',25,'MinLength',100);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 1660 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Создайте графики контроля качества для данных качества, соответствующих подпоследовательностям, из базового положения 10 в 100.

seqqcplot('SRR005164_1_50.fastq','BasePositions',[10 100]);

Figure SRR005164_1_50.fastq contains 5 axes and another object of type annotationpane. Axes 1 with title Quality Boxplot contains 543 objects of type rectangle, line. Axes 2 with title Base Composition contains 5 objects of type bar. These objects represent A, C, G, T, Other. Axes 3 with title Quality Distribution contains an object of type bar. Axes 4 with title GC Distribution contains an object of type bar. Axes 5 with title Length Distribution contains an object of type bar.

Входные параметры

свернуть все

Последовательность и информация о качестве, заданная как BioMap объект, BioRead объект, вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов, представляющих имена файлов FASTQ, SAM или BAM.

seqqcplot использует считанные данные качества, вместо качества выравнивания, если вы задаете файлы SAM или BAM, BioRead или BioMap объект.

Пример: 'SRR005164_1_50.fastq'

Имя генерируемого графика контроля качества, заданное как одно из следующего:

Имя графика контроля качестваОписание
'QualityBoxplot'Прямоугольный график для среднего счета качества в каждой позиции последовательности.
'CompositionLine'Линейный график для последовательности основы состава в каждом положении последовательности.
'CompositionBar'Штриховой график для основы последовательности в каждом положении последовательности.
'QualityDistribution'Гистограмма распределения счетов качества средней последовательности.
'GCDistribution'Гистограмма распределения GC-контента.
'LengthDistribution'Гистограмма распределения длины последовательности.
'Summary'Итоговый рисунок, содержащая все доступные графики, кроме 'CompositionLine' график. Рисунок также показывает значения пар "имя-значение", которые использовались для генерации графиков. Если пары "имя-значение" не были заданы, это показывает соответствующие значения по умолчанию.

По умолчанию все доступные графики строятся как подграфики на рисунке. Чтобы открыть определенный подграфик в отдельном окне рисунка, щелкните подграфик.

Пример: 'QualityBoxplot'

Формат кодирования базового качества, заданный как один из следующих:

  • 'Sanger'

  • 'Solexa'

  • 'Illumina13'

  • 'Illumina15'

  • 'Illumina18'

  • 'Illumina19'

Пример: 'Sanger'

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальный порог среднего базового качества для каждой последовательности, заданный как числовой скаляр. Функция рассматривает только последовательности со средним счетом качества, равным или больше порога. Пороговое значение интерпретируется в соответствии с заданным форматом кодирования. По умолчанию это -Inf, то есть рассматривается любая последовательность.

Пример: 'MeanQuality',5

Минимальный порог длины последовательности, заданный как неотрицательный числовой скаляр. Функция рассматривает только последовательности с длиной, равной или большей порога.

Пример: 'MinLength',100

Базовая область значений позиций для подпоследовательностей, заданный как двухэлементный вектор. Функция рассматривает только подпоследовательности в заданной области значений позиций. По умолчанию это [1 Inf], то есть рассматривается вся длина каждой последовательности.

Пример: 'BasePositions',[5 50]

Выходные аргументы

свернуть все

Указатель на выход рисунка, возвращаемый как рисунок указатель.

См. также

| | |

Введенный в R2017a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте