Класс: термин
Вектор символов только для чтения, который задает термин GO
definition является свойством класса term только для чтения. definition - вектор символов, который задает термин GO.
Возможными значениями являются любое определение, используемое для термина в базе данных Gene Ontology. Используйте definition свойство для определения определений объектов терминов или для доступа или фильтрации объектов терминов по определению.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите определение объекта термина на 287-й позиции в объекте генеонта, GeneontObj.
GeneontObj.terms(287).name ans = "The smaller of the two subunits of an organellar ribosome." [GOC:mcc]
Совет
Если вы знаете идентификатор GO (для примера, 314) объекта термина, вместо его индекса или номера позиции (для примера, 287), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить определение объекта термина:
GeneontObj(314).terms.definition
Для получения помощи в преобразовании индекса или номера позиции объекта термина в его идентификатор GO, смотрите term.id свойство.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите массив структур, содержащий 27 786 терминальных объектов, связанных с объектом генеонта.
GeneontObj.terms
27786x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsolete
Найдите объекты термина, определения которых включают словосочетание «ceramide oligosaccharides», сначала создав массив ячеек из векторов символов, которые перечисляют definition свойство для каждого термина в объекте geneont.
definitions = get(GeneontObj.terms,'definition');
Используйте regexpi функция для поиска в этих векторах символов 'ceramide oligosaccharides'.
matches = regexpi(definitions,'ceramide oligosaccharides','once');
Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия с definition свойство, которое включает словосочетание «церамидные олигосахариды».
mask = ~cellfun(@isempty,matches);
Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont вернуть структуру, содержащую идентификаторы терминов GO с определением, которое включает в себя фразу «ceramide oligosaccharides».
get(GO.terms(mask),'id')
ans =
[1573]
[1574]Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont вернуть структуру, содержащую полные определения терминов, с определением, которое включает фразу «ceramide oligosaccharides».
char(get(GO.terms(mask),'definition'))