Класс: термин
Числовое значение только для чтения, которое соответствует идентификатору GO термина GO
id является свойством класса term. id является числовым значением только для чтения, которое соответствует идентификатору GO термина GO.
Совет
Можно использовать num2goid функция для преобразования id к идентификатору GO вектора символов форматированному как 7-значный номер, которому предшествует префикс GO:, который является стандартом, используемым базой данных Gene Ontology.
Любое значение от 1 на N, где N является самым большим значением для идентификатора объекта термина в объекте генеонта. Используйте id свойство для определения идентификаторов GO объектов терминов или для доступа к объектам терминов по их идентификатору GO.
Совет
Можно использовать id свойство для термина GO как вход для методов объекта geneont, таких как getancestors, getdescendants, и getrelatives.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите идентификатор GO объекта термина на 183-й позиции в объекте генеонта, GeneontObj.
GeneontObj.terms(183).id ans = 207
Примечание
Индекс или положение (183 в этом примере) объекта термина в объекте генеонта не совпадает с идентификатором GO (207 в этом примере) для объекта термина. Это связано с тем, что существует много терминов, которые устарели и не включены в качестве объектов терминов в объект генеонта.
Форматируйте идентификатор GO в символьный массив.
num2goid(GeneontObj.terms(183).id)
ans =
'GO:0000207'Найдите индекс или номер позиции объекта термина, чья name свойство 'membrane'.
membrane_index = find(strcmp(get(GeneontObj.terms,'name'),'membrane'))
membrane_index =
9556Используйте этот индекс или номер позиции и id свойство для определения идентификатора GO объекта термина.
membrane_goid = GeneontObj.terms(membrane_index).id
membrane_goid =
16020Используйте этот идентификатор GO как вход в getrelatives метод для поиска идентификаторов GO других объектов термина, которые являются непосредственными родственниками объекта термина, чья name свойство 'membrane'.
relative_ids = getrelatives(GeneontObj,membrane_goid)
relative_ids =
5628
5886
16020
19867
30673
31090
34045
34357
42175
42622
42734
44464
45211
48475
60342Перечислите name свойства этих объектов термина.
get(GeneontObj(relative_ids).terms,'name')
ans =
'prospore membrane'
'plasma membrane'
'membrane'
'outer membrane'
'axolemma'
'organelle membrane'
'pre-autophagosomal structure membrane'
'photosynthetic membrane'
'nuclear envelope-endoplasmic reticulum network'
'photoreceptor outer segment membrane'
'presynaptic membrane'
'cell part'
'postsynaptic membrane'
'coated membrane'
'photoreceptor inner segment membrane'