Класс: термин
Вектор символов только для чтения, представляющий имя термина GO
name является свойством класса term только для чтения. name - вектор символов, представляющий имя термина GO.
Возможными значениями являются любое имя, используемое для термина в базе данных Gene Ontology. Используйте name свойство для определения имен объектов терминов или для доступа или фильтрации объектов терминов по наименованию.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите имя объекта термина на 157-й позиции в объекте генеонта, GeneontObj.
GeneontObj.terms(157).name ans = cytosolic small ribosomal subunit
Совет
Если вы знаете идентификатор GO (для примера, 181) объекта термина, вместо его индекса или номера позиции (для примера, 157), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить имя объекта термина:
GeneontObj(181).terms.name
Для получения помощи в преобразовании индекса или номера позиции объекта термина в его идентификатор GO, смотрите term.id свойство.
Найдите индекс или номер позиции объекта термина, чья name свойство 'membrane'.
membrane_index = find(strcmp(get(GeneontObj.terms,'name'),'membrane'))
membrane_index =
9556Используйте этот индекс или номер позиции и id свойство для определения идентификатора GO объекта термина.
membrane_goid = GeneontObj.terms(membrane_index).id
membrane_goid =
16020Используйте этот идентификатор GO как вход в getrelatives метод для поиска идентификаторов GO других объектов термина, которые являются непосредственными родственниками объекта термина, чья name свойство 'membrane'.
relative_ids = getrelatives(GeneontObj,membrane_goid)
relative_ids =
5628
5886
16020
19867
30673
31090
34045
34357
42175
42622
42734
44464
45211
48475
60342Перечислите name свойства этих объектов термина.
get(GeneontObj(relative_ids).terms,'name')
ans =
'prospore membrane'
'plasma membrane'
'membrane'
'outer membrane'
'axolemma'
'organelle membrane'
'pre-autophagosomal structure membrane'
'photosynthetic membrane'
'nuclear envelope-endoplasmic reticulum network'
'photoreceptor outer segment membrane'
'presynaptic membrane'
'cell part'
'postsynaptic membrane'
'coated membrane'
'photoreceptor inner segment membrane'