Exponenta Banner

obsolete property

Класс: термин

Логическое значение только для чтения, которое указывает, устарел ли термин GO

Описание

obsolete является свойством класса term только для чтения. obsolete - логическое значение, которое указывает, устарел ли термин GO (1) или не устарел (0).

Значения

1 - Устаревший
0 - Не устарел

Используйте obsolete свойство для определения, является ли объект термина устаревшим, или для доступа или фильтрации объектов термина по устаревшему значению.

Примеры

Пример 87. Использование устаревшего свойства для определения устаревшего статуса термина Объект

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отображение устаревшего статуса объекта термина на третьей и седьмой позициях объекта генеонта, GO

    GeneontObj.terms(3).obsolete

ans =

     0

GeneontObj.terms(7).obsolete

ans =

     1

Совет

Если вы знаете идентификатор GO (для примера, 8) объекта термина, вместо его индекса или номера позиции (для примера, 7), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить устаревший статус объекта термина:

GeneontObj(8).terms.obsolete

Для получения помощи в преобразовании индекса или номера позиции объекта термина в его идентификатор GO, смотрите term.id свойство.

Пример 88. Фильтрация термина Объекты по устаревшему статусу

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите массив структур, содержащий 27 786 терминальных объектов, связанных с объектом генеонта.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

  3. Создайте массив ячеек из логических элементов, которые перечислят obsolete свойство для каждого термина в объекте geneont.

    obsolescence = get(GeneontObj.terms,'obsolete');

  4. Создайте логическую маску из массива ячеек, которая идентифицирует все необсолетные условия.

    mask = ~cell2mat(obsolescence);

  5. Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont, чтобы вернуть структуру, содержащую только термины, которые не устарели.

    nonobsolete_terms = GeneontObj.terms(mask)

26424x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 26 424 членов, которые не устарели.

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка