Exponenta Banner
exponenta event banner

ontology property

Класс: термин

Вектор символов только для чтения, описывающий онтологию термина GO

Описание

ontology является свойством класса term только для чтения. ontology - вектор символов, описывающий онтологию термина GO.

Значения

'molecular function'
'biological process'
'cellular component'

Используйте ontology свойство для определения онтологии объектов терминов, или для доступа или фильтрации объектов терминов по онтологии.

Примеры

Пример 89. Использование свойства онтологии для определения онтологии термина Object

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите онтологию объекта термина на 155-й позиции в объекте генеонта, GeneontObj.

    GeneontObj.terms(155).ontology

ans =

molecular function

Совет

Если вы знаете идентификатор GO (для примера, 179) объекта термина, вместо его индекса или номера позиции (для примера, 155), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить онтологию объекта термина:

GeneontObj(179).terms.ontology

Для получения помощи в преобразовании индекса или номера позиции объекта термина в его идентификатор GO, смотрите term.id свойство.

Пример 90. Фильтрация объектов терминов по онтологии клеточных компонентов

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите массив структур, содержащий 27 786 терминальных объектов, связанных с объектом генеонта.

    GeneontObj.terms

27786x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

  3. Просмотрите свойства объекта термина в 14, 723-я позиция в объекте генеонта.

    GeneontObj.terms(14723)

            id: 31655
          name: 'negative regulation of heat dissipation'
      ontology: 'biological process'
    definition: [1x113 char]
       comment: ''
       synonym: {4x2 cell}
          is_a: [3x1 double]
       part_of: 31653
      obsolete: 0

  4. Создайте массив ячеек из векторов символов, которые перечислят ontology свойство для каждого термина в объекте geneont.

    ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');

  5. Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия с ontology свойство cellular component.

    mask = strcmp(ontologies,'cellular component');

  6. Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont, чтобы вернуть структуру, содержащую только условия со ontology свойство cellular component.

    cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)

2362x1 struct array with fields:
    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

    Существует 2362 условия с ontology свойство cellular component.

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка