Класс: термин
Вектор символов только для чтения, описывающий онтологию термина GO
ontology является свойством класса term только для чтения. ontology - вектор символов, описывающий онтологию термина GO.
'molecular function' |
'biological process' |
'cellular component' |
Используйте ontology свойство для определения онтологии объектов терминов, или для доступа или фильтрации объектов терминов по онтологии.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите онтологию объекта термина на 155-й позиции в объекте генеонта, GeneontObj.
GeneontObj.terms(155).ontology ans = molecular function
Совет
Если вы знаете идентификатор GO (для примера, 179) объекта термина, вместо его индекса или номера позиции (для примера, 155), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить онтологию объекта термина:
GeneontObj(179).terms.ontology
Для получения помощи в преобразовании индекса или номера позиции объекта термина в его идентификатор GO, смотрите term.id свойство.
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в программном обеспечении MATLAB.
GeneontObj = geneont('LIVE', true)MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.
Gene Ontology object with 27769 Terms.
Отобразите массив структур, содержащий 27 786 терминальных объектов, связанных с объектом генеонта.
GeneontObj.terms
27786x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsolete
Просмотрите свойства объекта термина в 14, 723-я позиция в объекте генеонта.
GeneontObj.terms(14723)
id: 31655
name: 'negative regulation of heat dissipation'
ontology: 'biological process'
definition: [1x113 char]
comment: ''
synonym: {4x2 cell}
is_a: [3x1 double]
part_of: 31653
obsolete: 0Создайте массив ячеек из векторов символов, которые перечислят ontology свойство для каждого термина в объекте geneont.
ontologies = get(GeneontObj.terms,'ontology');
Создайте логическую маску, которая идентифицирует все условия с ontology свойство cellular component.
mask = strcmp(ontologies,'cellular component');
Примените логическую маску ко всем терминам в GeneontObj объект geneont, чтобы вернуть структуру, содержащую только условия со ontology свойство cellular component.
cell_comp_terms = GeneontObj.terms(mask)
2362x1 struct array with fields:
id
name
ontology
definition
comment
synonym
is_a
part_of
obsoleteСуществует 2362 условия с ontology свойство cellular component.