Exponenta Banner

synonym property

Класс: термин

Массив только для чтения, содержащий условия GO, которые являются синонимами этого термина GO

Описание

synonym является свойством класса term только для чтения. synonym - массив ячеек с двумя столбцами, содержащий условия GO, которые являются синонимами этого термина GO. Первый столбец содержит вектор символов, задающий тип синонима, например 'exact_synonym', 'related_synonym', 'broad_synonym', 'narrow_synonym', или 'alt_id'. Второй столбец содержит идентификатор GO синонимического термина или вектора символов, описывающий синонимичный термин.

Значения

Возможные значения являются идентификаторами терминов GO из базы данных Gene Ontology. Используйте synonym свойство для определения идентификаторов GO объектов-синонимов объектов.

Примеры

Пример 92. Использование синонима Property для определения синонимического термина Объектов

  1. Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Web в объект генеонта в MATLAB® программное обеспечение.

    GeneontObj = geneont('LIVE', true)

    MATLAB создает объект geneont и отображает количество объектов терминов, связанных с объектом geneont. 

    Gene Ontology object with 27769 Terms.

  2. Отобразите объекты термина, которые синонимичны объекту термина на третьей позиции в объекте генеонта, GeneontObj.

    synonyms = GeneontObj.terms(3).synonym

synonyms = 

    'alt_id'           'GO:0019952'
    'alt_id'           'GO:0050876'
    'exact_synonym'     [1x39 char]

  3. Поскольку точный синоним не имеет перечисленного идентификатора GO, отобразите текст этого синонима.

    synonyms(3,2)

ans = 

    '"reproductive physiological process" []'

  4. Отобразите объекты термина, которые являются синонимами объекта термина на 352-й позиции в объекте генеонта, GeneontObj.

    GeneontObj.terms(352).synonym

ans = 

    'alt_id'             'GO:0006374'        
    'alt_id'             'GO:0006375'        
    'related_synonym'             [1x26 char]
    'related_synonym'             [1x26 char]
    'narrow_synonym'              [1x51 char]
    'narrow_synonym'              [1x50 char]
    'broad_synonym'      '"mRNA splicing" []'
    'broad_synonym'               [1x22 char]

Совет

Если вы знаете идентификатор GO (для примера, 398) объекта термина, вместо его индекса или номера позиции (для примера, 352), можно использовать следующий синтаксис, чтобы отобразить синоним объекта термина:

GeneontObj(398).terms.synonym

Для получения помощи в преобразовании индекса или номера позиции объекта термина в его идентификатор GO, смотрите term.id свойство.

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка