Exponenta Banner
exponenta event banner

Видовой объект

A species object представляет вид, который представляет собой количество химического вещества или сущности, участвующего в реакциях. Вид всегда сводится в отсек.

При добавлении видов к модели с несколькими отсеками необходимо задать квалифицированные имена, используя compartmentName. speciesName. Для примера, nucleus.DNA обозначает вид DNA в отсеке nucleus.

Для получения информации о...Видите...
Создание и добавление вида к моделиaddspecies
Методы и свойства видаspecies object

Как изменяются количества видов во время симуляций

Количество вида может оставаться постоянным или изменяться во время симуляции модели. Используйте следующие свойства species object Чтобы указать, как изменяется количество вида во время симуляции:

  • ConstantAmount свойство - Когда установлено на trueколичество вида не меняется во время симуляции. Вид может быть частью реакции или правила, но реакция или правило не могут изменить его количество. Когда установлено значение falseколичество вида определяется реакцией или правилом, но не тем и другим.

  • BoundaryCondition свойство - Когда установлено на trueколичество вида является либо постоянным, либо определяется правилом, но не определяется химической реакцией. Другими словами, симуляция не создает дифференциальный термин скорости от реакций для этого вида, даже если он находится в реакции, но может иметь дифференциальный термин скорости, созданный из правила.

Сохранение количества вида без изменений

Задайте ConstantAmount на true и BoundaryCondition на false для постоянного вида, количество которого не изменяется реакцией или правилом. При этом вид действует как параметр. Это не может быть в реакции, и это не может быть изменено правилом.

ConstantAmountBoundaryConditionРеакцияПравилоИзменено
ПравдаЛожныйНетНетНикогда

Пример - Вид E не является частью реакции, но является частью уравнения скорости реакции. E является постоянным и может быть заменено на постоянное Vm = k2*E.

     reaction: S -> P
reaction rate: kcat*E*S/(Km + S)

Изменение количества видов с помощью реакции или правила

Задайте ConstantAmount на false и BoundaryCondition на false для вида, количество которого изменяется реакцией или правилом, но не тем и другим.

ConstantAmountBoundaryConditionРеакцияПравилоИзменено
ЛожныйЛожныйДаНетРеакция
ЛожныйЛожныйНет ДаПравило

Пример 1 - Вид А является частью реакции и находится в уравнении скорости реакции. Количество или концентрация видов определяется реакцией. Это наиболее распространённая категория вида. Дифференциальное уравнение скорости для вида создается из реакций.

     reaction: A -> B
reaction rate: k*A

Пример 2 - Вид E не является частью реакции, но находится в уравнении скорости реакции. E изменяется с другой реакцией или правилом.

     reaction: S -> P
reaction rate: kcat*E*S/(Km + S)

Пример 3 - Вид G не является частью реакции и не находится в уравнении скорости. G изменяется с помощью алгебраического правила или правила скорости.

    rate rule: dG/dt = k

Изменение количества видов с помощью правила, когда виды являются частью реакции

Задайте ConstantAmount на false и BoundaryCondition на true для вида, количество которого изменяется по правилу, но вид также является частью реакции, и термин дифференциальной скорости от реакции не создается. Количество вида изменяется правилом, и из правила создается термин дифференциальной скорости.

ConstantAmountBoundaryConditionРеакцияПравилоИзменено
ЛожныйПравдаДаДаПравило

Пример 1 - Вид A не изменяется уравнением скорости, но изменяется в соответствии с правилом скорости. Однако A может быть в уравнении скорости, которое изменяет другие виды в реакции.

     reaction: A -> B
reaction rate: k1 or k1*A
    rate rule: dA/dt = k2*A (solution is  A = k2*t)
               (enter in SimBiology as A = k2*A)

Пример 2 - Вид A не находится в уравнении скорости, но изменяется согласно алгебраическому правилу.

      reaction: A -> B + C
 reaction rate: k or k*A
algebraic rule: A = 2*C 
                (enter in SimBiology as 2*C - A)

Сохранение количества вида неизменным, когда вид является частью реакции, которая добавляет или удаляет массу

Задайте ConstantAmount на false и BoundaryCondition на true для постоянного вида, который является частью реакции, но термин дифференциальной скорости не создается из реакции. Дифференциальный термин скорости создается из правила.

ConstantAmountBoundaryConditionРеакцияПравилоИзменено
ПравдаПравдаДаНетНикогда

Во время симуляции дифференциальное уравнение скорости не создается для вида. dSpecies/dt не существует.

Пример 1 - A является infinite source и его сумма не меняется. B увеличивается с нулевой ставкой порядка (k и k*A являются обеими константами). Источник относится к виду, где масса добавляется в систему.

     reaction: A -> B
reaction rate: k or k*A

Пример 2 - B уменьшается со скоростью первого порядка, но A является infinite sink и его сумма не меняется. A sink относится к виду, где масса вычитается из системы.

     reaction: B -> A
reaction rate: k*B

Пример 3 - Нулевой вид является зарезервированным видовым именем, которое может действовать как источник или раковина.

     reaction: null -> B
reaction rate: k

     reaction: B -> null
reaction rate: k*B

Пример 4 - АТФ и АДФ находятся в реакции и имеют постоянные значения, но они не находятся в уравнении скорости реакции.

     reaction: S + ATP -> P + ADP
reaction rate: Vm*S/(Km + S)

Документация SimBiology

Поддержка