MATLAB® среда широко используется для анализа микроданных массива, включая чтение, фильтрацию, нормализацию и визуализацию микроданных массива. Однако стандартная нормализация и инструменты визуализации, которые используют ученые, могут затруднить реализацию. Тулбокс включает эти стандартные функции:
Микроданные массива — Рид Аффиметрикс® GeneChip® файлы (affyread) и отобразите данные на графике (probesetplot), ImaGene® файлы результатов (imageneread), файлы SPOT (sptread) и Agilent® файлы сканера микромассивов (agferead). Считайте GenePix® Файлы GPR (gprread) и файлы GAL (galread). Получите данные Gene Expression Omnibus (GEO) из сети (getgeodata) и считанные ГЕО данные из файлов (geosoftread).
Служебная функция (magetfield) данные об извлечениях из одной из функций читателя микромассивов (gprread, agferead, sptread, imageneread).
Нормализация микромассивов и фильтрующий — тулбокс предоставляет много методов для нормализации микроданных массива, таких как нормализация lowess (malowess) и средняя нормализация (manorm), или через несколько массивов (quantilenorm). Можно использовать функции фильтрации, чтобы убрать необработанные данные перед анализом (geneentropyfilter, genelowvalfilter, generangefilter, genevarfilter), и вычислите область значений и отклонение значений (exprprofrange, exprprofvar).
Визуализация микромассивов — тулбокс содержит стандартные программы для визуализации микроданных массива. Эти стандартные программы включают пространственные графики микроданных массива (maimage, redgreencmap), диаграммы (maboxplot), loglog графики (maloglog), и графики отношения интенсивности (mairplot). Можно также посмотреть кластеризируемые профили выражения (clustergram, redgreencmap). Можно создать 2D графики рассеивания основных компонентов от микроданных массива (mapcaplot).
Служебные функции микромассивов — Использование следующие функции, чтобы работать с наборами данных Affymetrix GeneChip. Получите информацию библиотеки для зонда (probelibraryinfo), информация о гене от тестового набора (probesetlookup), и зонд установил значения от CEL и информации CDF (probesetvalues). Покажите тестовую информацию о наборе от Аналитического Центра NetAffx™ (probesetlink) и постройте установленные значения зонда (probesetplot).
Доступы к тулбоксу статистические стандартные программы, чтобы выполнить кластерный анализ и визуализировать результаты, и можно просмотреть данные посредством статистической визуализации, такой как древовидные схемы, классификация и деревья регрессии.
