Анализ генетических вариаций
Найдите, анализируйте и визуализируйте генетические варианты, такие как изменения номера копии (CNVs) и один полиморфизмы нуклеотида (SNPs)
Функции
cghcbs | Выполните круговую бинарную сегментацию (CBS) на данных об основанной на массиве сравнительной геномной гибридизации (aCGH) |
cghfreqplot | Отобразите частоту изменений номера копии ДНК через несколько выборок |
chromosomeplot | Постройте идеограмму хромосомы с шаблоном G-соединения |
gcrma | Выполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка, нормализация квантиля и резюмирование средней полировки на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов |
gcrmabackadj | Выполните GC Устойчивое Среднее значение Мультимассивов (GCRMA) фоновая корректировка на данных тестового уровня Affymetrix микромассивов с помощью информации о последовательности |
mattest | Выполните 2D демонстрационный t-тест, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов от двух экспериментальных условий или фенотипов |
mafdr | Оцените положительный ложный уровень открытия для нескольких тестирование гипотезы |
mavolcanoplot | Создайте значение по сравнению с отношением экспрессии гена (изменение сгиба) график рассеивания микроданных массива |
mairplot | Создайте интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения микроданных массива |
maboxplot | Создайте диаграмму для микроданных массива |
maloglog | Создайте loglog график микроданных массива |
mapcaplot | Создайте график Анализа главных компонентов (PCA) микроданных массива |
nbintest | Непарный тест гипотезы для данных о количестве с размерами небольшой выборки |
Классы
DataMatrix | Объект Create DataMatrix |
DataMatrix object | Структура информации, описывающей данные и метаданные, полученные от экспериментов с микромассивом, таким образом, что она может быть проиндексирована относительно генных идентификаторов, идентификаторов проб и образцов |
NegativeBinomialTest | Непарный результат испытаний гипотезы |
