Exponenta Banner

Выравнивание

Сопоставьте чтения со ссылочными последовательностями

Выровняйте чтения последовательности к ссылочным последовательностям с помощью различных функций. Галстук-бабочка 1 (bowtie) приспособлен к выравниванию относительно коротких чтений (до 50 BP). Галстук-бабочка 2 (bowtie2) более подходит для чтений дольше, чем 50 BP и предоставляет несколько преимуществ включая один - и поддержка чтений парного конца, локальная и сквозная поддержка выравнивания и разорванное выравнивание с аффинными штрафами. BWA Выравнивания Нор-Wheeler (bwamem) подходит для выравнивания 70 последовательностей запроса bp-1 Mbp. Это работает выравниваниями отбора с максимальными точными совпадениями и расширяющими seed с алгоритмом Смита-лодочника аффинного разрыва.

Функции

bowtieКороткие чтения карты к ссылочной последовательности с помощью Нор-Wheeler преобразовывают
bowtiebuildСгенерируйте индекс с помощью Нор-Wheeler, преобразовывают
bowtie2Сопоставьте чтения последовательности со ссылочной последовательностью
bowtie2buildСоздайте Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей
bowtie2inspectСмотрите Галстук-бабочку 2 индексных файла
bwaindexСоздайте индексы BWA из ссылочной последовательности
bwamemСопоставьте чтения последовательности со ссылочным геномом с помощью BWA
align2cigarПреобразуйте выровненные последовательности в соответствующие подписи в формате CIGAR
cigar2alignПреобразуйте невыровненные последовательности в выровненные последовательности с помощью подписей в формате CIGAR

Классы

BioMapСодержите последовательность, качество, выравнивание и данные об отображении
Bowtie2AlignOptionsОпции, чтобы сопоставить чтения со ссылочной последовательностью
Bowtie2BuildOptionsСодержите опции, чтобы создать Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей
Bowtie2InspectOptionsСодержите опции, чтобы смотреть Галстук-бабочку 2 индексных файла
BWAIndexOptionsОпция установлена для bwaindex
BWAMEMOptionsОпция установлена для bwamem

Темы

Визуализируйте данные NGS Используя приложение Genomics Viewer

Используйте приложение Genomics Viewer для данных о выравнивании представления NGS для одного изменения нуклеотида цитохрома p450 ген.

Пакеты программной поддержки Bioinformatics Toolbox

Загрузите и установите пакеты поддержки Биоинформатики для рабочих процессов NGS.

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка