Преобразуйте последовательность аминокислот от буквы до целочисленного представления
SeqInt = aa2int(SeqChar)
SeqInt = aa2int(SeqChar,'Unknown',unknownAA)
SeqChar | Одно из следующего:
|
unknownAA | Номер, представляющий неизвестную аминокислоту. Значением по умолчанию является 0. |
SeqInt | Последовательность аминокислот задана вектором-строкой из целых чисел. |
SeqInt = aa2int(SeqChar)SeqChar, вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды, задающие последовательность аминокислот, к SeqInt, вектор-строка из целых чисел, задающих ту же последовательность аминокислот. Для допустимых алфавитных кодов см. таблицу Mapping Amino Acid Letter Codes to Integers.
SeqInt = aa2int(SeqChar,'Unknown',unknownAA)
Отображение алфавитных кодов аминокислоты к Целым числам
| Аминокислота | Код | Целое число |
|---|---|---|
| Аланин | A | 1 |
| Аргинин | R | 2 |
| Аспарагин | N | 3 |
| Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат) | D | 4 |
| Цистеин | C | 5 |
| Glutamine | Q | 6 |
| Глутаминовая кислота (Глутамат) | E | 7 |
| Глицин | G | 8 |
| Гистидин | H | 9 |
| Изолейцин | I | 10 |
| Лейцин | L | 11 |
| Лизин | K | 12 |
| Метионин | M | 13 |
| Фенилаланин | F | 14 |
| Пролин | P | 15 |
| Серин | S | 16 |
| Треонин | T | 17 |
| Триптофан | W | 18 |
| Тирозин | Y | 19 |
| Valine | V | 20 |
| Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат) | B | 21 |
| Glutamine или Glutamic acid (Глутамат) | Z | 22 |
| Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | X | 23 |
| Остановка перевода | * | 24 |
| Разрыв неопределенной длины | - | 25 |
| Неизвестный символ (любой символ или символ не в таблице) | ? | 0 |
aminolookup | int2aa | int2nt | nt2int