baselookup

Найдите коды нуклеотида, целые числа, имена и дополнения

Синтаксис

baselookup
baselookup('Complement', SeqNT)
baselookup('Code', CodeValue)
baselookup('Integer', IntegerValue)
baselookup('Name', NameValue)

Аргументы

SeqNT

Последовательность (последовательности) нуклеотида, представленная одним из следующего:

  • Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды из таблицы Nucleotide Lookup

  • Массив ячеек последовательностей

  • Двумерный символьный массив последовательностей

Примечание

Если вход является несколькими последовательностями, дополнение для каждой последовательности определяется независимо.

CodeValue

Алфавитный код нуклеотида, представленный одним из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая однобуквенный код, представляющий нуклеотид. Для допустимых однобуквенных кодов см. таблицу Nucleotide Lookup.

  • Массив ячеек алфавитных кодов.

  • Двумерный символьный массив алфавитных кодов.

IntegerValue Одно целое число, представляющее нуклеотид. Для допустимых целых чисел см. таблицу Nucleotide Lookup.
NameValue

Имя нуклеотида, представленное одним из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая имя нуклеотида. Для допустимых имен нуклеотида см. таблицу Nucleotide Lookup.

  • Массив ячеек имен.

  • Двумерный символьный массив имен.

Описание

baselookup отображает таблицу кодов нуклеотида, целых чисел, имен и дополнений.

Поиск нуклеотида

КодЦелое число Имя нуклеотида ЗначениеДополнение
A 1Аденин AT
C 2ЦитозинCG
G 3ГуанинGC
T 4ТиминTA
U4УрацилUA
R 5ПуринA или GY
Y 6ПиримидинC или TR
K 7KetoG или T M
M 8АминопластA или CK
S 9Сильное взаимодействие (3 связи H)C или GS
W 10Слабое взаимодействие (2 связи H)A или TW
B 11Не AC или G или T V
D 12Не CA или G или TH
H 13Не GA или C или TD
V 14Не T или UA или C или GB
NX 15Любой нуклеотидA или C или G или T или UN
- 16Разрыв неопределенной длиныРазрыв-

baselookup('Complement', SeqNT) отображает дополнительную последовательность нуклеотида.

baselookup('Code', CodeValue) отображает соответствующее значение и имя нуклеотида. Для неоднозначных кодов нуклеотида (RYKMSWBDHVN, и X), имя нуклеотида является описательным именем.

baselookup('Integer', IntegerValue) отображает соответствующий алфавитный код, значение и имя нуклеотида.

baselookup('Name', NameValue) отображает соответствующий алфавитный код, значение, и имя нуклеотида или описательное имя.

Примеры

свернуть все

baselookup('Complement', 'TAGCTGRCCAAGGCCAAGCGAGCTTN')
ans = 
    'ATCGACYGGTTCCGGTTCGCTCGAAN
     '

Отобразите значение и имя нуклеотида или описательное имя для кодов G и Y нуклеотида.

baselookup('Code', 'G')
ans = 
    'G	Guanine
     '

baselookup('Code', 'Y')
ans = 
    'T|C	pYrimidine
     '

Отобразите алфавитный код нуклеотида, значение, и имя нуклеотида или описательное имя для целых чисел 1 и 7.

baselookup('Integer', 1)
ans = 
    'A	A - Adenine
     '

baselookup('Integer', 7)
ans = 
    'K	G|T - Keto
     '

Отобразите соответствующий алфавитный код нуклеотида, значение и имя для цитозина и пурина.

baselookup('Name','cytosine')
ans = 
    'C	C - Cytosine
     '

baselookup('Name','purine')
ans = 
    'R	G|A - puRine
     '

Представлено до R2006a