revgeneticcode

Возвратите отображение реверса (аминокислота к кодону нуклеотида) для генетического кода

Синтаксис

Map = revgeneticcode Map = revgeneticcode(GeneticCode) Map = revgeneticcode(..., 'Alphabet', AlphabetValue, ...) Map = revgeneticcode(..., 'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue, ...)

Входные параметры

`GeneticCode`	Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является `1` или `'Standard'`. Совет Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.
`AlphabetValue`	Вектор символов или строка, задающая алфавит нуклеотида, чтобы использовать в карте. Выбор: `'DNA'` (значение по умолчанию) — Использование символы `ACG`, и `T`. `'RNA'` — Использует символы `ACG`, и `U`.
`ThreeLetterCodesValue`	Управляет использованием трехбуквенных кодов аминокислоты как имена полей в структуре возврата `Map`. Выбором является `true` для трехбуквенных кодов или `false` для одного алфавитного кода. Значением по умолчанию является `false`.

Выходные аргументы

Map Структура, содержащая противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для стандартного генетического кода. Map структура содержит поле для каждой аминокислоты.

Описание

Map = revgeneticcode возвращает структуру, содержащую противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для стандартного генетического кода. Map структура содержит поле для каждой аминокислоты.

Map = revgeneticcode(GeneticCode) возвращает структуру, содержащую противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для заданного генетического кода. GeneticCode также:

Целое число, вектор символов или строка, задающая номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code
transl_table (код) номер от веб-страницы NCBI, описывающей генетические коды:
```
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c
```

Совет

Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.

Map = revgeneticcode (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы revgeneticcode с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

Map = revgeneticcode(..., 'Alphabet', AlphabetValue, ...) задает алфавит нуклеотида, чтобы использовать в карте. AlphabetValue может быть 'DNA', который использует символы ACG, и T, или 'RNA', который использует символы ACG, и U. Значением по умолчанию является 'DNA'.

Map = revgeneticcode(..., 'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue, ...) управляет использованием трехбуквенных кодов аминокислоты как имена полей в структуре возврата Map. ThreeLetterCodesValue может быть true для трехбуквенных кодов или false для одного алфавитного кода. Значением по умолчанию является false.

Генетический код

Номер кода	Кодовое название
1	`Standard`
2	`Vertebrate Mitochondrial`
3	`Yeast Mitochondrial`
4	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
5	`Invertebrate Mitochondrial`
6	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
9	`Echinoderm Mitochondrial`
10	`Euplotid Nuclear`
11	`Bacterial` и `Plant Plastid`
12	`Alternative Yeast Nuclear`
13	`Ascidian Mitochondrial`
14	`Flatworm Mitochondrial`
15	`Blepharisma Nuclear`
16	`Chlorophycean Mitochondrial`
21	`Trematode Mitochondrial`
22	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
23	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Примеры

Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Standard генетический код.

map = revgeneticcode

map = 

      Name: 'Standard'
         A: {'GCT'  'GCC'  'GCA'  'GCG'}
         R: {'CGT'  'CGC'  'CGA'  'CGG'  'AGA'  'AGG'}
         N: {'AAT'  'AAC'}
         D: {'GAT'  'GAC'}
         C: {'TGT'  'TGC'}
         Q: {'CAA'  'CAG'}
         E: {'GAA'  'GAG'}
         G: {'GGT'  'GGC'  'GGA'  'GGG'}
         H: {'CAT'  'CAC'}
         I: {'ATT'  'ATC'  'ATA'}
         L: {'TTA'  'TTG'  'CTT'  'CTC'  'CTA'  'CTG'}
         K: {'AAA'  'AAG'}
         M: {'ATG'}
         F: {'TTT'  'TTC'}
         P: {'CCT'  'CCC'  'CCA'  'CCG'}
         S: {'TCT'  'TCC'  'TCA'  'TCG'  'AGT'  'AGC'}
         T: {'ACT'  'ACC'  'ACA'  'ACG'}
         W: {'TGG'}
         Y: {'TAT'  'TAC'}
         V: {'GTT'  'GTC'  'GTA'  'GTG'}
     Stops: {'TAA'  'TAG'  'TGA'}
    Starts: {'TTG'  'CTG'  'ATG'}

Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Формы, Простейшего животного, Coelenterate Митохондриальный, и генетический код Mycoplasma/Spiroplasma, с помощью алфавита РНК.
```
moldmap = revgeneticcode(4,'Alphabet','rna');
```
Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Плоского червя Митохондриальный генетический код, с помощью трехбуквенных кодов для имен полей в структуре возврата.
```
wormmap = revgeneticcode('Flatworm Mitochondrial',...
                          'ThreeLetterCodes',true);
```

Ссылки

[1] Веб-страница NCBI, описывающая генетические коды:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c

Представлено до R2006a

Документация