Получите профиль скрытой модели Маркова (HMM) из базы данных PFAM
HMMStruct = gethmmprof(PFAMName)
HMMStruct = gethmmprof(PFAMNumber)
HMMStruct = gethmmprof(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)
HMMStruct = gethmmprof(...,
'Mode', ModeValue, ...)
HMMStruct = gethmmprof(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
PFAMName | Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, '7tm_2'. |
PFAMNumber | Целое число, задающее количество семейства белков HMM, профилирует запись в базе данных PFAM. Например, 2 номер семейства белков для семейства белков 'PF00002'. |
ToFileValue | Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла для того, чтобы сохранить данные. Если вы зададите только имя файла, тот файл будет сохранен в MATLAB® Текущая папка. |
ModeValue | Вектор символов, который задает возвращенный режим выравнивания. Выбор:
|
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
HMMStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию для профиля HMM, получена из базы данных PFAM. |
Примечание
gethmmprof получает информацию из профилей PFAM-HMM, от версии HMMER2.0 формата файла до HMMER3/f.
HMMStruct = gethmmprof(PFAMName)PFAMName (имя семейства белков), получает информацию о профиле HMM и хранит его в HMMStruct, структура MATLAB, содержащая следующие поля, соответствующие параметрам профиля HMM.
| Поле | Описание |
|---|---|
Name | Имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM профилирует запись в базе данных PFAM. |
PfamAccessionNumber | Инвентарный номер семейства белков HMM профилирует запись в базе данных PFAM. |
ModelDescription | Описание профиля HMM. |
ModelLength | Длина профиля (количество состояний СООТВЕТСТВИЯ). |
Alphabet | Алфавит используется в модели, 'AA' ornt . Примечание
|
MatchEmission | Вероятности эмиссии символа в состояниях СООТВЕТСТВИЯ. Формат является матрицей размера |
InsertEmission | Вероятности эмиссии символа во ВСТАВКА состоянии. Формат является матрицей размера |
NullEmission | Вероятности эмиссии символа в СООТВЕТСТВИИ и ВСТАВЛЯЮТ состояния для модели NULL. Формат является 1 Примечание Вероятности NULL также известны как фоновые вероятности. |
BeginX | Вероятности изменения состояния BEGIN. Формат является 1 [B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend] |
MatchX | СОВПАДАЙТЕ с вероятностями изменения состояния. Формат является 4 [M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend; M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1]; M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend; M1->E M2->E ... M[end-1]->E ] |
InsertX | ВСТАВЬТЕ вероятности изменения состояния. Формат является 2 [ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend; I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ] |
DeleteX | Вероятности изменения состояния DELETE. Формат является 2 [ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ; D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ] |
FlankingInsertX | Фланговые состояния вставки (N и C) используемый для ЛОКАЛЬНОГО выравнивания профиля. Формат является матрицей 2 на 2: [N->B C->T ; N->N C->C] |
LoopX | Цикл утверждает вероятности перехода, используемые для нескольких выравнивания хитов. Формат является матрицей 2 на 2: [E->C J->B ; E->J J->J] |
NullX | Пустые вероятности перехода раньше предоставляли баллам значения логарифмических разногласий также для изменений состояния. Формат является вектором столбцов 2 на 1: [G->F ; G->G] |
HMMStruct = gethmmprof(PFAMNumber)PFAMNumber (целое число), ищет базу данных PFAM связанную запись, получает информацию о профиле HMM и хранит его в HMMStruct, структура MATLAB.
HMMStruct = gethmmprof (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)gethmmprof с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет данные, возвращенные в базу данных PFAM в файле, заданном HMMStruct = gethmmprof(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue.
Примечание
Можно считать отформатированный HMM файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью pfamhmmread функция.
HMMStruct = gethmmprof(...,
'Mode', ModeValue, ...)
'ls' (значение по умолчанию) — Глобальный режим выравнивания.
'fs' — Локальный режим выравнивания.
Для получения дополнительной информации о моделях профиля HMM см. Модель Профиля HMM.
HMMStruct = gethmmprof(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
Получать профиль скрытой модели Маркова (HMM) для глобального выравнивания 7-трансмембранного белка приемника в семействе секретинов, введите:
hmm = gethmmprof('7tm_2')
hmm =
struct with fields:
Name: '7tm_2'
PfamAccessionNumber: 'PF00002.21'
ModelDescription: '7 transmembrane receptor (Secretin family)'
ModelLength: 241
Alphabet: 'AA'
MatchEmission: [241×20 double]
InsertEmission: [241×20 double]
NullEmission: [1×20 double]
BeginX: [242×1 double]
MatchX: [240×4 double]
InsertX: [240×2 double]
DeleteX: [240×2 double]
FlankingInsertX: [2×2 double]
LoopX: [2×2 double]
NullX: [2×1 double]gethmmalignment | hmmprofalign | hmmprofstruct | pfamhmmread | showhmmprof