Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла, URL, указывающий на файл или текст файла PFAM-HMM-formatted. Файл, на который ссылаются, является PFAM отформатированный HMM файл. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB^® путь поиска файлов или в текущей папке.

Вероятности эмиссии символа в состояниях СООТВЕТСТВИЯ.

Формат является матрицей размера ModelLength- AlphaLength, где каждая строка соответствует распределению эмиссии для определенного состояния СООТВЕТСТВИЯ.

Вероятности эмиссии символа во ВСТАВКА состоянии.

Формат является матрицей размера ModelLength- AlphaLength, где каждая строка соответствует распределению эмиссии для определенного, ВСТАВЛЯЮТ состояние.

Вероятности эмиссии символа в СООТВЕТСТВИИ и ВСТАВЛЯЮТ состояния для модели NULL.

Формат является 1 AlphaLength вектор-строка.

Вероятности изменения состояния BEGIN.

Формат является 1 (ModelLength + 1) вектор-строка:

[B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend]

СОВПАДАЙТЕ с вероятностями изменения состояния.

Формат является 4 (ModelLength - 1) матрица:

[M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend;
 M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1];
 M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend;
 M1->E  M2->E  ... M[end-1]->E  ]

ВСТАВЬТЕ вероятности изменения состояния.

Формат является 2 (ModelLength - 1) матрица:

[ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend;
  I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ]

Вероятности изменения состояния DELETE.

Формат является 2 (ModelLength - 1) матрица:

[ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ;
  D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ]

Фланговые состояния вставки (N и C) используемый для ЛОКАЛЬНОГО выравнивания профиля.

Формат является матрицей 2 на 2:

[N->B  C->T ;
 N->N  C->C]

Цикл утверждает вероятности перехода, используемые для нескольких выравнивания хитов.

Формат является матрицей 2 на 2:

[E->C  J->B ;
 E->J  J->J]

Пустые вероятности перехода раньше предоставляли баллам значения логарифмических разногласий также для изменений состояния.

Формат является вектором столбцов 2 на 1:

[G->F ; G->G]