pfamhmmread

Считайте данные из PFAM отформатированный HMM файл

Синтаксис

HMMStruct = pfamhmmread(File)
HMMStruct = pfamhmmread(File,'TimeOut',TimeOutValue)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла, URL, указывающий на файл или текст файла PFAM-HMM-formatted. Файл, на который ссылаются, является PFAM отформатированный HMM файл. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке.

Совет

Можно использовать gethmmprof функция с 'ToFile' свойство получить HMM профилирует информацию от базы данных PFAM и создать PFAM отформатированный HMM файл.

TimeOutValueТайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

HMMStructСтруктура MATLAB, содержащая информацию от PFAM отформатированный HMM файл.

Описание

Примечание

pfamhmmread чтения PFAM-HMM отформатировали файлы от версии HMMER2.0 формата файла до HMMER3/f.

HMMStruct = pfamhmmread(File) чтения File, PFAM отформатированный HMM файл, и преобразует его в HMMStruct, структура MATLAB, содержащая следующие поля, соответствующие параметрам профиля HMM:

Поле Описание
NameИмя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM профилирует запись в базе данных PFAM.
PfamAccessionNumberИнвентарный номер семейства белков HMM профилирует запись в базе данных PFAM.
ModelDescriptionОписание профиля HMM.
ModelLengthДлина профиля (количество состояний СООТВЕТСТВИЯ).
AlphabetАлфавит используется в модели, 'AA' ornt .

Примечание

AlphaLength 20 для 'AA' и 4 для 'NT'.

MatchEmission

Вероятности эмиссии символа в состояниях СООТВЕТСТВИЯ.

Формат является матрицей размера ModelLength- AlphaLength, где каждая строка соответствует распределению эмиссии для определенного состояния СООТВЕТСТВИЯ.

InsertEmission

Вероятности эмиссии символа во ВСТАВКА состоянии.

Формат является матрицей размера ModelLength- AlphaLength, где каждая строка соответствует распределению эмиссии для определенного, ВСТАВЛЯЮТ состояние.

NullEmission

Вероятности эмиссии символа в СООТВЕТСТВИИ и ВСТАВЛЯЮТ состояния для модели NULL.

Формат является 1 AlphaLength вектор-строка.

Примечание

Вероятности NULL также известны как фоновые вероятности.

BeginX

Вероятности изменения состояния BEGIN.

Формат является 1 (ModelLength + 1) вектор-строка:

[B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend]
MatchX

СОВПАДАЙТЕ с вероятностями изменения состояния.

Формат является 4 (ModelLength - 1) матрица:

[M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend;
 M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1];
 M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend;
 M1->E  M2->E  ... M[end-1]->E  ]
InsertX

ВСТАВЬТЕ вероятности изменения состояния.

Формат является 2 (ModelLength - 1) матрица:

[ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend;
  I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ]
DeleteX

Вероятности изменения состояния DELETE.

Формат является 2 (ModelLength - 1) матрица:

[ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ;
  D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ]
FlankingInsertX

Фланговые состояния вставки (N и C) используемый для ЛОКАЛЬНОГО выравнивания профиля.

Формат является матрицей 2 на 2:

[N->B  C->T ;
 N->N  C->C]
LoopX

Цикл утверждает вероятности перехода, используемые для нескольких выравнивания хитов.

Формат является матрицей 2 на 2:

[E->C  J->B ;
 E->J  J->J]
NullX

Пустые вероятности перехода раньше предоставляли баллам значения логарифмических разногласий также для изменений состояния.

Формат является вектором столбцов 2 на 1:

[G->F ; G->G]

HMMStruct = pfamhmmread(File,'TimeOut',TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных PFAM.

Для получения дополнительной информации о моделях профиля HMM см. Модель Профиля HMM.

Примеры

Считайте локально сохраненный PFAM отформатированный HMM файл в структуру MATLAB.

pfamhmmread('pf00002.ls')

ans = 

                   Name: '7tm_2'
    PfamAccessionNumber: 'PF00002.15'
       ModelDescription: '7 transmembrane receptor (Secretin family)'
            ModelLength: 293
               Alphabet: 'AA'
          MatchEmission: [293x20 double]
         InsertEmission: [293x20 double]
           NullEmission: [1x20 double]
                 BeginX: [294x1 double]
                 MatchX: [292x4 double]
                InsertX: [292x2 double]
                DeleteX: [292x2 double]
        FlankingInsertX: [2x2 double]
                  LoopX: [2x2 double]
                  NullX: [2x1 double]
Представлено до R2006a