Exponenta Banner

palindromes

Найдите палиндромы в последовательности

Синтаксис

[Position, Length] = palindromes(SeqNT)
[Position, Length, Pal] = palindromes(SeqNT)
... = palindromes(SeqNT, ..., 'Length', LengthValue, ...)
... = palindromes(SeqNT, ..., 'Complement', ComplementValue, ...)

Аргументы

SeqNT

Одно из следующего:

LengthValueЦелое число, задающее минимальную длину для палиндромов. Значением по умолчанию является 6.
ComplementValueУправляет возвратом дополнительных палиндромов, то есть, где элементы совпадают со своими дополнительными парами A-T (или U) и C-G вместо точного соответствия нуклеотида. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Описание

[Position, Length] = palindromes(SeqNT) находит все палиндромы в последовательности SeqNT с длиной, больше, чем или равный 6, и возвращает начальные значения индекса, Position, и длины палиндромов, Length.

[Position, Length, Pal] = palindromes(SeqNT) также возвращает массив ячеек, Pal, из палиндромов.

... = палиндромы (SeqNTPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы palindromes с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

... = palindromes(SeqNT, ..., 'Length', LengthValue, ...) находит все палиндромы дольше, чем или равный LengthValue. Значением по умолчанию является 6.

... = palindromes(SeqNT, ..., 'Complement', ComplementValue, ...) управляет возвратом дополнительных палиндромов, то есть, где элементы совпадают со своими дополнительными парами A-T (или A-U) и C-G вместо точного соответствия нуклеотида. Выбор для ComplementValue true или false (значение по умолчанию).

Примеры

Найдите палиндромы в простой последовательности нуклеотида.

[p,l,s] = palindromes('GCTAGTAACGTATATATAAT')

p =
    11
    12
l =
     7
     7
s = 
    'TATATAT'
    'ATATATA'

Найдите дополнительные палиндромы в простой последовательности нуклеотида.

[pc,lc,sc] = palindromes('TAGCTTGTCACTGAGGCCA',...
                         'Complement',true)
pc =
     8
lc =
     7
sc = 
    'TCACTGA'

Найдите палиндромы в случайной последовательности нуклеотида.

a = randseq(100)

a =
TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA
AAGCAAGCTCCTGAGTAGCTGGCCA
AGCGAGCTTGCTTGTGCCCGGCTGC
GGCGGTTGTATCCTGAATACGCCAT

[pos,len,pal]=palindromes(a)

pos =
    74
len =
     6
pal = 
    'GCGGCG'

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка