Считайте файл данных, содержащий тестовую информацию о последовательности для массива Affymetrix GeneChip
Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
)
Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
,
...'SeqPath', SeqPathValue
, ...)
Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
,
...'CDFPath', CDFPathValue
, ...)
Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
,
...'SeqOnly', SeqOnlyValue
, ...)
SeqFile | Вектор символов или строка, задающая имя файла файла последовательности (разделенный от вкладки или FASTA), который содержит следующую информацию для определенного типа массива Affymetrix® GeneChip®:
Файл последовательности (разделенный от вкладки или FASTA) должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в Текущей папке (если вы не используете свойство |
CDFFile | Любое из следующего:
ВниманиеУбедитесь, что |
SeqPathValue | Вектор символов или строка, задающая папку или путь и папку, где SeqFile хранится. |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, задающая папку или путь и папку, где CDFFile хранится. |
SeqOnlyValue | Управляет возвратом структуры, Struct , только с одним полем, SequenceMatrix . Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
Struct | Структура MATLAB, содержащая следующие поля:
|
считывает данные из файлов Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
)SeqFile
и CDFFile
, и хранит данные в структуре MATLAB Struct
, который содержит следующие поля.
Поле | Описание |
---|---|
ProbeSetIDs | Массив ячеек, содержащий тестовые идентификаторы набора из файла библиотеки Affymetrix CDF. |
ProbeIndices | Вектор-столбец, содержащий информацию об индексации зонда. Зонды в тестовом наборе пронумерованы 0 через N - 1, где N является количеством зондов в тестовом наборе. |
SequenceMatrix | N-by-25 матрица информации о последовательности для идеальной пары (PM), зондирует на массиве Affymetrix GeneChip, где N является количеством зондов на массиве. Каждая строка соответствует зонду, и каждый столбец соответствует одному из 25 положений последовательности. Нуклеотиды в последовательностях представлены одним из следующих целых чисел:
ПримечаниеЗонды без информации о последовательности представлены в СоветМожно использовать функцию |
вызывает Struct = affyprobeseqread(SeqFile, CDFFile, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)
affyprobeseqread
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
позволяет вам задать путь и папку, где Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
,
...'SeqPath', SeqPathValue
, ...)SeqFile
хранится.
позволяет вам задать путь и папку, где Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
,
...'CDFPath', CDFPathValue
, ...)CDFFile
хранится.
управляет возвратом структуры, Struct
= affyprobeseqread(SeqFile
, CDFFile
,
...'SeqOnly', SeqOnlyValue
, ...)Struct
, только с одним полем, SequenceMatrix
. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
Считайте данные из файла FASTA и сопоставленного файла библиотеки CDF, приняв, что оба расположены на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке.
S1 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_fasta', 'HG_U95A.CDF');
Считайте данные из разделенного от вкладки файла, и сопоставил структуру CDF, приняв, что разделенный от вкладки файл расположен в заданной папке, и структура CDF находится в вашем рабочем пространстве MATLAB.
S2 = affyprobeseqread('HG-U95A_probe_tab',hgu95aCDFStruct,... 'seqpath','C:\Affymetrix\SequenceFiles\HGGenome');
Доступ к последовательностям нуклеотида первого тестового набора (строки 1 - 20) в поле SequenceMatrix
структуры S2
.
seq = int2nt(S2.SequenceMatrix(1:20,:))
affygcrma
| affyinvarsetnorm
| affyread
| celintensityread
| int2nt
| probelibraryinfo
| probesetlink
| probesetlookup
| probesetplot
| probesetvalues