Преобразуйте последовательность аминокислот в последовательность нуклеотида
SeqNT = aa2nt(SeqAA)
SeqNT =
aa2nt(SeqAA, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue,
...)
SeqNT = aa2nt(SeqAA,
...'Alphabet' AlphabetValue, ...)
SeqAA | Одно из следующего:
Примеры: |
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является СоветЕсли вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени. |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая алфавит нуклеотида. Выбор:
|
SeqNT | Последовательность нуклеотида задана вектором символов алфавитных кодов. |
SeqNT = aa2nt(SeqAA)SeqAASeqNT, с помощью стандартного генетического кода.
В целом отображение от аминокислоты до кодона нуклеотида не является взаимно-однозначным отображением. Для аминокислот с несколькими возможными кодонами нуклеотида эта функция случайным образом выбирает кодон, соответствующий той конкретной аминокислоте. Для неоднозначных символов B и Z, одна из аминокислот, соответствующих букве, выбраны случайным образом, и затем последовательность кодона выбрана случайным образом. Для неоднозначного символьного X последовательность кодона выбрана случайным образом из всех возможностей.
SeqNT = aa2nt(SeqAA, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) aa2nt с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает генетический код, чтобы использовать при преобразовании последовательности аминокислот в последовательность нуклеотида. SeqNT =
aa2nt(SeqAA, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue,
...)GeneticCodeValue может быть целым числом, вектором символов или строкой, задающей номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является 1 или 'Standard'. Аминокислоту к отображению кодона нуклеотида для Стандартного генетического кода показывают в таблице Standard Genetic Code.
Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.
SeqNT = aa2nt(SeqAA,
...'Alphabet' AlphabetValue, ...)AlphabetValue может быть 'DNA', который использует символы A, C, G, и T или 'RNA', который использует символы A, C, G и U. Значением по умолчанию является 'DNA'.
Генетический код
| Номер кода | Кодовое название |
|---|---|
| 1 | Standard |
| 2 | Vertebrate Mitochondrial |
| 3 | Yeast Mitochondrial |
| 4 | Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial и Mycoplasma/Spiroplasma |
| 5 | Invertebrate Mitochondrial |
| 6 | Ciliate, Dasycladacean и Hexamita Nuclear |
| 9 | Echinoderm Mitochondrial |
| 10 | Euplotid Nuclear |
| 11 | Bacterial и Plant Plastid |
| 12 | Alternative Yeast Nuclear |
| 13 | Ascidian Mitochondrial |
| 14 | Flatworm Mitochondrial |
| 15 | Blepharisma Nuclear |
| 16 | Chlorophycean Mitochondrial |
| 21 | Trematode Mitochondrial |
| 22 | Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
| 23 | Thraustochytrium Mitochondrial |
Стандартный генетический код
| Имя аминокислоты | Код аминокислоты | Кодон нуклеотида |
|---|---|---|
| Аланин | A | GCT GCC GCA GCG |
| Аргинин | R | CGT CGC CGA CGG AGA AGG |
| Аспарагин | N | AAT AAC |
| Кислота аспарагиновой кислоты (Аспартат) | D | GAT GAC |
| Цистеин | C | TGT TGC |
| Glutamine | Q | CAA CAG |
| Глутаминовая кислота (Глутамат) | E | GAA GAG |
| Глицин | G | GGT GGC GGA GGG |
| Гистидин | H | CAT CAC |
| Изолейцин | I | ATT ATC ATA |
| Лейцин | L | TTA TTG CTT CTC CTA CTG |
| Лизин | K | AAA AAG |
| Метионин | M | ATG |
| Фенилаланин | F | TTT TTC |
| Пролин | P | CCT CCC CCA CCG |
| Серин | S | TCT TCC TCA TCG AGT AGC |
| Треонин | T | ACT ACC ACA ACG |
| Триптофан | W | TGG |
| Тирозин | Y | TAT, TAC |
| Valine | V | GTT GTC GTA GTG |
| Аспарагин или кислота Аспарагиновой кислоты (Аспартат) | B | Случайный кодон от D и N |
| Glutamine или Glutamic acid (Глутамат) | Z | Случайный кодон от E и Q |
| Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | X | Случайный кодон |
| Остановка перевода | * | TAA TAG TGA |
| Разрыв неопределенной длины | - | --- |
| Неизвестный символ (любой символ или символ не в таблице) | ? | ??? |
aminolookup | baselookup | geneticcode | nt2aa | rand | revgeneticcode | seqviewer