Exponenta Banner

revgeneticcode

Возвратите отображение реверса (аминокислота к кодону нуклеотида) для генетического кода

Синтаксис

Map = revgeneticcode
Map = revgeneticcode(GeneticCode)
Map = revgeneticcode(..., 'Alphabet', AlphabetValue, ...)
Map = revgeneticcode(..., 'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue, ...)

Входные параметры

GeneticCode

Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является 1 или 'Standard'.

Совет

Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.

AlphabetValue

Вектор символов или строка, задающая алфавит нуклеотида, чтобы использовать в карте. Выбор:

  • 'DNA' (значение по умолчанию) — Использование символы A, C, G и T.

  • 'RNA' — Использует символы A, C, G и U.

ThreeLetterCodesValue

Управляет использованием трехбуквенных кодов аминокислоты как имена полей в структуре возврата Map. Выбором является true для трехбуквенных кодов или false для одного алфавитного кода. Значением по умолчанию является false.

Выходные аргументы

Map Структура, содержащая противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для стандартного генетического кода. Структура Map содержит поле для каждой аминокислоты.

Описание

Map = revgeneticcode возвращает структуру, содержащую противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для стандартного генетического кода. Структура Map содержит поле для каждой аминокислоты.

Map = revgeneticcode(GeneticCode) возвращает структуру, содержащую противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для заданного генетического кода. GeneticCode также:

Совет

Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.

Map = revgeneticcode(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)  вызывает revgeneticcode с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

Map = revgeneticcode(..., 'Alphabet', AlphabetValue, ...) задает алфавит нуклеотида, чтобы использовать в карте. AlphabetValue может быть 'DNA', который использует символы A, C, G, и T или 'RNA', который использует символы A, C, G и U. Значением по умолчанию является 'DNA'.

Map = revgeneticcode(..., 'ThreeLetterCodes', ThreeLetterCodesValue, ...) управляет использованием трехбуквенных кодов аминокислоты как имена полей в структуре возврата Map. ThreeLetterCodesValue может быть true для трехбуквенных кодов или false для одного алфавитного кода. Значением по умолчанию является false.

Генетический код

Номер кодаКодовое название
1Standard
2Vertebrate Mitochondrial
3Yeast Mitochondrial
4Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial и Mycoplasma/Spiroplasma
5Invertebrate Mitochondrial
6Ciliate, Dasycladacean и Hexamita Nuclear
9Echinoderm Mitochondrial
10Euplotid Nuclear
11Bacterial и Plant Plastid
12Alternative Yeast Nuclear
13Ascidian Mitochondrial
14Flatworm Mitochondrial
15Blepharisma Nuclear
16Chlorophycean Mitochondrial
21Trematode Mitochondrial
22Scenedesmus Obliquus Mitochondrial
23Thraustochytrium Mitochondrial

Примеры

  • Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для генетического кода Standard.

    map = revgeneticcode

map = 

      Name: 'Standard'
         A: {'GCT'  'GCC'  'GCA'  'GCG'}
         R: {'CGT'  'CGC'  'CGA'  'CGG'  'AGA'  'AGG'}
         N: {'AAT'  'AAC'}
         D: {'GAT'  'GAC'}
         C: {'TGT'  'TGC'}
         Q: {'CAA'  'CAG'}
         E: {'GAA'  'GAG'}
         G: {'GGT'  'GGC'  'GGA'  'GGG'}
         H: {'CAT'  'CAC'}
         I: {'ATT'  'ATC'  'ATA'}
         L: {'TTA'  'TTG'  'CTT'  'CTC'  'CTA'  'CTG'}
         K: {'AAA'  'AAG'}
         M: {'ATG'}
         F: {'TTT'  'TTC'}
         P: {'CCT'  'CCC'  'CCA'  'CCG'}
         S: {'TCT'  'TCC'  'TCA'  'TCG'  'AGT'  'AGC'}
         T: {'ACT'  'ACC'  'ACA'  'ACG'}
         W: {'TGG'}
         Y: {'TAT'  'TAC'}
         V: {'GTT'  'GTC'  'GTA'  'GTG'}
     Stops: {'TAA'  'TAG'  'TGA'}
    Starts: {'TTG'  'CTG'  'ATG'}

  • Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Формы, Простейшего животного, Coelenterate Митохондриальный, и генетический код Mycoplasma/Spiroplasma, с помощью алфавита РНК.

    moldmap = revgeneticcode(4,'Alphabet','rna');

  • Возвратите противоположное отображение аминокислот к кодонам нуклеотида для Плоского червя Митохондриальный генетический код, с помощью трехбуквенных кодов для имен полей в структуре возврата.

    wormmap = revgeneticcode('Flatworm Mitochondrial',...
                          'ThreeLetterCodes',true);

Ссылки

[1] Веб-страница NCBI, описывающая генетические коды: 

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=c

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка