Класс: BioMap
Установите подпись (информация о выравнивании) для объекта BioMap
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)
NewObj = setSignature(BioObj, Signature)NewObj, новый объект BioMap, созданный из BioObj, существующего объекта BioMap, с набором свойств Signature к Signature, массиву ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности.
NewObj = setSignature(BioObj, Signature, Subset)NewObj, новый объект BioMap, созданный из BioObj, существующего объекта BioMap, со свойством Signature подмножества набора элементов к Signature, массиву ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как считанные последовательности, заданные Subset, выравниваются к ссылочной последовательности. Это устанавливает подпись только для объектных элементов, указанных Subset.
|
Объект класса ПримечаниеЕсли |
|
Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
ПримечаниеНепосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект класса |
Создайте объект BioMap, и затем установите подмножество подписей:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Signature property of the second element to a new value
BMObj1 = setSignature(BMObj1, {'36M'}, 2);Чтобы обновить подписи в существующем объекте BioMap, используйте тот же объект в качестве входа BioObj и вывода NewObj.
Если вы изменяете последовательности или запускаете положения в объекте, вы, возможно, должны использовать метод setSignature, чтобы изменить свойство Signature измененных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию метода setSignature, чтобы обновить существующий объект должна использовать точечную индексацию со свойством Signature:
BioObj.Signature(Indices) = NewSignature
В предыдущем синтаксисе Indices является вектором положительных целых чисел или логическим вектором. Indices не может быть массивом ячеек из символьных векторов, содержащим заголовки последовательности. NewSignature является вектором символов или массивом ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, каждое представление, как последовательность чтения выравнивается к ссылочной последовательности. Подпись может быть пустой. Indices и NewSignature должны иметь тот же номер и порядок элементов.