Класс: BioMap
Установите запускают положения выровненных последовательностей чтения в объекте BioMap
NewObj = setStart(BioObj, Start)
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)
NewObj = setStart(BioObj, Start)NewObj, новый объект BioMap, созданный из BioObj, существующего объекта BioMap, с набором свойств Start к Start, вектору положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Изменение свойства Start переключает выровненные последовательности.
NewObj = setStart(BioObj, Start, Subset)NewObj, новый объект BioMap, созданный из BioObj, существующего объекта BioMap, со свойством Start подмножества набора элементов к Start, вектору положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Это устанавливает положения запуска только для объектных элементов, указанных Subset.
|
Объект класса ПримечаниеЕсли |
|
Вектор положительных целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. |
|
Одно из следующих, чтобы задать подмножество элементов в
ПримечаниеНепосредственное отношение должно существовать между номером и порядком элементов в |
|
Объект класса |
Создайте объект BioMap, и затем установите подмножество последовательности, запускают значения:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Set the Start property of the second element to a new value
BMObj1 = setStart(BMObj1, 5, 2);Чтобы обновить запускают положения в существующем объекте BioMap, используют тот же объект в качестве входа BioObj и вывода NewObj.
Если вы изменяете последовательности или подписи в объекте, вы, возможно, должны использовать метод setStart, чтобы изменить свойство Start переключить выравнивание измененных последовательностей соответственно.
Альтернатива использованию метода setStart, чтобы обновить существующий объект должна использовать точечную индексацию со свойством Start:
BioObj.Start(Indices) = NewStart
В предыдущем синтаксисе Indices является вектором положительных целых чисел или логическим вектором. Indices не может быть массивом ячеек из символьных векторов, содержащим заголовки последовательности. NewStart является вектором целых чисел, задающих положения запуска выровненных последовательностей чтения относительно чисел положения в ссылочной последовательности. Indices и NewStart должны иметь тот же номер и порядок элементов.