plotSummary

Статистика краткого изложения сюжета данных NGS

свернуть все на странице

Синтаксис

plotSummary(object)
plotSummary(object,Name,Value)
[H, qsObject] = plotSummary(___)

Описание

пример

plotSummary(object) генерирует итоговую фигуру статистики. Фигура содержит шесть графиков, показывающих счет среднего качества к каждому основному положению, распределению счета среднего качества, проценту количества чтения для каждого основного положения, проценту содержимого GC для каждого основного положения, распространения контента GC и распределения нуклеотида.

пример

plotSummary(object,Name,Value) дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, plotSummary(object,'FilterLength',15) использует первые 15 основ каждого чтения, чтобы построить итоговую статистику.

пример

[H, qsObject] = plotSummary(___) возвращает вектор-столбец указателей H к осям в сгенерированной фигуре и объекте BioReadQualityStatistics qsObject, с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Загрузите считанные данные в объект BioRead.

BRObj = BioRead('SRR005164_1_50.fastq');

Статистика краткого изложения сюжета данных о чтении с помощью первых 40 символов каждого чтения с минимальным счетом среднего качества 5.

plotSummary(BRObj,'FilterLength',40,'QualityScoreThreshold',5)

Входные параметры

свернуть все

Объект, содержащий данные о чтении, заданные как объект BioRead или BioMap.

Пример: bioreadObj

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: plotSummary(object,'FilterLength',15) использует первые 15 символов каждого чтения, чтобы построить итоговую статистику.

Формат кодировки информации качества последовательности, указанной как пара, разделенная запятой, состоящая из 'Encoding' и один из следующих векторов символов (или строки): 'Illumina18', 'Illumina13', 'Illumina15', 'Solexa' или 'Sanger'.

Пример: 'Encoding','Illumina15'

Типы данных: char

Первые основы n (символы), чтобы использовать от каждого чтения, заданного как пара, разделенная запятой, состоящая из 'FilterLength' и положительного целого числа или пустого массива. Значением по умолчанию является пустой массив, что означает, что функция использует все символы, чтобы построить итоговую статистику.

Пример: 'FilterLength',10

Типы данных: double

Минимальный порог среднего качества, чтобы построить чтение, заданное как пара, разделенная запятой, состоящая из 'QualityScoreThreshold и скалярного значения. Функция игнорирует любое чтение со средней оценкой меньше, чем заданное пороговое значение. Значением по умолчанию является -Inf, что означает, что функция рассматривает все чтения независимо от их очков среднего качества.

Пример: 'QualityScoreThreshold',5

Типы данных: double

Выходные аргументы

свернуть все

Указатели на оси в сгенерированной фигуре, возвращенной как вектор.

Качественные данные о статистике, возвращенные как объект BioReadQualityStatistics.

Смотрите также

|

Темы

Представленный в R2010a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте