Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочной последовательности Dmel_chr4.fa уже предоставляют тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если индексная сборка успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Иногда индексные файлы существуют, и вы хотите знать, что ссылочная последовательность раньше создавала индекс. В этом случае используйте функцию bowtie2inspect, чтобы получить больше информации о ссылке.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит последовательность ссылки. Можно также получить итоговую информацию о ссылочном имени и длинах вместо фактической последовательности. Для получения дополнительной информации на доступных параметрах, смотрите Bowtie2InspectOptions.

Если индекс готов, сопоставьте последовательности чтения со ссылкой с помощью функции bowtie2. Парный конец считал файлы (SRR6008575_10k_1.fq, и SRR6008575_10k_2.fq) уже предоставлены тулбокс.

bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam');

Вывод является SAM-отформатированным файлом, который содержит результаты отображения.

Можно задать различные опции выравнивания путем передачи в Галстуке-бабочке 2 строк синтаксиса или использования объекта Bowtie2AlignOptions.

Предположим, что вы хотите обрезать некоторые остатки от конца 3' перед выравниванием. Во-первых, создайте объект Bowtie2AlignOptions.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрежьте четыре остатка от конца 3' перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Сопоставьте чтения со ссылкой с помощью заданной опции выравнивания.

flag = bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam',alignOpt);