Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочной последовательности Dmel_chr4.fa уже предоставляют тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если индексная сборка успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Можно задать различные варианты при помощи объекта Bowtie2BuildOptions или путем передачи в Галстуке-бабочке 2 строк синтаксиса. Например, можно задать, обеспечить ли создание большого индекса, даже если ссылка является меньше чем четырьмя миллиардами нуклеотидов долго можно следующим образом.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Установите опцию ForceLargeIndex на истину.

buildOpt.ForceLargeIndex = true;

Создайте индексные файлы с помощью заданной опции.

bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large',buildOpt);

Также можно передать в Галстуке-бабочке 2 строки синтаксиса.

flag = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large2','--large-index');