Получите информацию о ссылочной последовательности, используемой, чтобы создать соответствующие индексные файлы при помощи bowtie2inspect. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию выходной файл, Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, раньше создавал индекс.

Можно также получить итоговую информацию о ссылочном имени и длинах вместо фактической последовательности.

Создайте объект опций.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Установите свойство Summary на true.

inspectOpt.Summary = true;

Запустите функцию снова с помощью заданной опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary.fa',inspectOpt);

Если индексный контроль успешен, функция возвращает 0, и выходной файл теперь содержит итоговую информацию ссылочной последовательности.

Также можно передать в Галстуке-бабочке 2 строки синтаксиса вместо того, чтобы использовать объект опции.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary2.fa','-s');