Exponenta Banner

Bowtie2BuildOptions

Содержите опции, чтобы создать Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей

расширьте все на странице

Описание

Объект Bowtie2BuildOptions содержит опции, чтобы запустить функцию bowtie2build, которая создает Галстук-бабочку 2 индексных файла из ссылочных последовательностей.

Создание

Синтаксис

buildOptions = Bowtie2BuildOptions
buildOptions = Bowtie2BuildOptions(Name,Value)
buildOptions = Bowtie2BuildOptions(S)

Описание

пример

buildOptions = Bowtie2BuildOptions создает объект Bowtie2BuildOptions со значениями свойств по умолчанию.

Bowtie2BuildOptions требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.

Примечание

Bowtie2BuildOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

buildOptions = Bowtie2BuildOptions(Name,Value) свойства наборов с помощью одной или нескольких пар "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, buildOptions = Bowtie2BuildOptions('ForceLargeIndex',true) задает, чтобы обеспечить создание большого индекса, даже если ссылка является меньше чем 4 миллиардами нуклеотидов долго.

пример

buildOptions = Bowtie2BuildOptions(S) задает дополнительные параметры в векторе символов или строке S.

Входные параметры

развернуть все

Параметры, чтобы создать индексные файлы, заданные как вектор символов. S должен быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксисами опции (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1].

Типы данных: char | string

Свойства

развернуть все

Булев индикатор, чтобы создать только 3.bt2 и файлы 4.bt2, которые соответствуют побитно упакованной версии ссылочных последовательностей, заданных как true или false.

Пример: 'BuildOnlyReference',true

Типы данных: логический

Булев индикатор, чтобы не использовать создание 3.bt2 и файлов 4.bt2, которые соответствуют побитно упакованной версии ссылочных последовательностей, заданных как true или false.

Пример: 'BuildNoReference',true

Типы данных: логический

Дополнительные опции, не включенные в свойства объектов, заданные как вектор символов. Вектор символов должен быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксисами опции (снабженный префиксом одним или двумя тире). Значение по умолчанию является пустым символьным вектором ''.

Пример: 'ExtraBowtie2Command','--version'

Типы данных: char | string

Булев индикатор, чтобы обеспечить создание большого индекса, даже если ссылка является меньше чем четырьмя миллиардами нуклеотидов долго, заданный как true или false.

Пример: 'ForceLargeIndex',true

Типы данных: логический

Количество параллельных потоков, чтобы создать индексные файлы, заданные как положительное целое число. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обеспечивает значительное ускорение (близко к линейному), но также и увеличивает объем потребляемой памяти.

Пример: 'NumThreads',4

Типы данных: double

Количество строк Нор-Wheeler, чтобы отметить при создании индексных файлов, заданных как положительное целое число. Чтобы сопоставить выравнивание назад с позициями по ссылочным последовательностям, функция использует этот номер, чтобы отметить некоторые строки в алгоритме Нор-Wheeler с их соответствующим местоположением на геноме. Функция отмечает каждый 2n, где n является offrate.

Увеличение числа отмеченных строк делает ссылочные поиски положения быстрее, но требует большей памяти.

Пример: 'Offrate',6

Типы данных: double

Номер, чтобы установить seed в генераторе псевдослучайного числа, заданном как неотрицательное целое число.

Пример: 'Seed',3

Типы данных: double

Функции объекта

getBowtie2CommandПереведите свойства объектов в Галстук-бабочку 2 опции
getBowtie2TableПолучите таблицу со свойствами объектов и эквивалентным Галстуком-бабочкой 2 опции
runСоздайте Галстук-бабочку 2 индексных файла

Примеры

свернуть все

Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочной последовательности Dmel_chr4.fa уже предоставляют тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если индексная сборка успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Можно задать различные варианты при помощи объекта Bowtie2BuildOptions или путем передачи в Галстуке-бабочке 2 строк синтаксиса. Например, можно задать, обеспечить ли создание большого индекса, даже если ссылка является меньше чем четырьмя миллиардами нуклеотидов долго можно следующим образом.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Установите опцию ForceLargeIndex на истину.

buildOpt.ForceLargeIndex = true;

Создайте индексные файлы с помощью заданной опции.

bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large',buildOpt);

Также можно передать в Галстуке-бабочке 2 строки синтаксиса.

flag = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large2','--large-index');

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Смотрите также

| | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка