Булев индикатор, чтобы создать только 3.bt2 и файлы 4.bt2, которые соответствуют побитно упакованной версии ссылочных последовательностей, заданных как true или false.

Пример: 'BuildOnlyReference',true

Типы данных: логический

Булев индикатор, чтобы не использовать создание 3.bt2 и файлов 4.bt2, которые соответствуют побитно упакованной версии ссылочных последовательностей, заданных как true или false.

Пример: 'BuildNoReference',true

Типы данных: логический

Дополнительные опции, не включенные в свойства объектов, заданные как вектор символов. Вектор символов должен быть в Галстуке-бабочке 2 синтаксисами опции (снабженный префиксом одним или двумя тире). Значение по умолчанию является пустым символьным вектором ''.

Пример: 'ExtraBowtie2Command','--version'

Типы данных: char | string

Булев индикатор, чтобы обеспечить создание большого индекса, даже если ссылка является меньше чем четырьмя миллиардами нуклеотидов долго, заданный как true или false.

Пример: 'ForceLargeIndex',true

Типы данных: логический

Количество параллельных потоков, чтобы создать индексные файлы, заданные как положительное целое число. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обеспечивает значительное ускорение (близко к линейному), но также и увеличивает объем потребляемой памяти.

Пример: 'NumThreads',4

Типы данных: double

Количество строк Нор-Wheeler, чтобы отметить при создании индексных файлов, заданных как положительное целое число. Чтобы сопоставить выравнивание назад с позициями по ссылочным последовательностям, функция использует этот номер, чтобы отметить некоторые строки в алгоритме Нор-Wheeler с их соответствующим местоположением на геноме. Функция отмечает каждый ²ⁿ, где n является offrate.

Увеличение числа отмеченных строк делает ссылочные поиски положения быстрее, но требует большей памяти.

Пример: 'Offrate',6

Типы данных: double

Номер, чтобы установить seed в генераторе псевдослучайного числа, заданном как неотрицательное целое число.

Пример: 'Seed',3

Типы данных: double