Отметьте, чтобы добавить описания файлов от файлов последовательности до атрибута descr записи вывода GFF, заданной как true или false. Задайте файлы последовательности с помощью опции SequenceInfo.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы проверять противоположную скрутку при проверке на кодоны остановки в кадре, заданные как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы настроить фазу последовательности кодирования при проверке на кодоны остановки в кадре, заданные как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы кластеризировать входные расшифровки стенограммы в места, заданные как true или false. Эта опция совпадает со свойством Merge, за исключением того, что это не сворачивает полностью содержавшие расшифровки стенограммы с идентичными интронами.

Пример: false

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы без кодирования функции последовательности (CDS), заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы свернуть полностью содержавшие расшифровки стенограммы, которые короче с меньшим количеством интронов, чем контейнер, заданный как true или false. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge на true.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы свернуть более короткие расшифровки стенограммы перекрывающиеся по крайней мере 80% с другой одной расшифровкой стенограммы экзона, заданной как true или false. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge на true.

Пример: true

Типы данных: логический

Геномная область значений, чтобы отфильтровать расшифровки стенограммы, заданные как строка или вектор символов. Форматом должен быть "[[<strand>]<chr>:]<start>..<end>", где start и end являются геномными положениями, chr является дополнительной хромосомой или именем контига и дополнительным strand ('+' или '-').

Пример: “+NC_000912.1:4821..7340”

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы проигнорировать mRNA расшифровки стенограммы или недостаток в запуске или кодон остановки или наличие кодона остановки в кадре, заданного как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы проигнорировать мультиэкзон mRNA расшифровки стенограммы, которые имеют интрон с неканонической последовательностью соединения встык, заданной как true или false. Неканоническая последовательность соединения встык является любой последовательностью соединения встык кроме "GT-AG", "CG-AG" или "AT-AC".

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы, охватывающие один экзон, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы проигнорировать расшифровки стенограммы с кодоном остановки в кадре, заданным как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Дополнительные команды, заданные как строка или вектор символов. Команды должны быть в исходном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB. Когда функция преобразовывает исходные флаги в свойства MATLAB, она хранит любые нераспознанные флаги в этой опции.

Пример: "-E"

Типы данных: char | string

Имя файла, чтобы сохранить соединенные последовательности кодирования в формате FASTA, заданном как строка или вектор символов.

Пример: "splicedCoding.FASTA"

Типы данных: char | string

Имя файла, чтобы сохранить соединенные экзоны в формате FASTA, заданном как строка или вектор символов.

Пример: "splicedExon.FASTA"

Типы данных: char | string

Имя файла, чтобы сохранить перевод белка кодирования последовательностей в формате FASTA, заданном как строка или вектор символов.

Пример: "translated.FASTA"

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы проанализировать дополнительные атрибуты только от первого экзона, заданного как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы перечислить самый низкий уровень функции GFF, когда экзон показывает в выходном файле, заданном как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы отбросить расшифровки стенограммы, не содержавшие полностью в области значений, заданной как true или false. Задайте область значений с помощью опции CoordinateRange.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы вывести файлы расшифровки стенограммы формата GTF, заданные как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы включать все свойства объектов с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций, заданный как true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, снабженный префиксом одним или двумя тире (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. false значения по умолчанию означает, что, когда вы вызываете getCommand(optionsObject), он преобразовывает только заданные свойства. Если значением является true, getCommand преобразовывает все доступные свойства, со значениями по умолчанию для незаданных свойств, к исходному синтаксису.

Пример: true

Типы данных: логический

Максимальная длина интрона для расшифровки стенограммы, чтобы включать в выходной файл, заданный как положительное целое число. Inf, значение по умолчанию, не устанавливает предела для длины интрона.

Пример: 500

Типы данных: double

Отметьте, чтобы объединить расшифровки стенограммы в места путем сворачивания расшифровок стенограммы с идентичными интронами, заданными как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы объединить экзоны в один экзон, когда разделено меньше чем 4 интронами пары оснований, заданными как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Имя файла, чтобы сохранить информацию на копиях при слиянии, заданный как строка или вектор символов. Это свойство применяется только, когда вы устанавливаете Merge на true.

Пример: "duplicates.txt"

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы сохранить все атрибуты в выходном файле, заданном как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы отфильтровать записи, содержащие слово, "псевдо", заданное как true или false.

Пример: false

Типы данных: логический

Имя файла, содержащего заменяющую таблицу, заданную как строка или вектор символов. Таблица должна иметь два столбца, где первый столбец содержит исходные идентификаторы расшифровки стенограммы, и второй столбец содержит новые идентификаторы расшифровки стенограммы. Таблица в качестве примера следует.

Если вы предоставляете заменяющую таблицу, функция заменяет идентификаторы расшифровки стенограммы, найденные в первом столбце с новыми идентификаторами расшифровок стенограммы из второго столбца, и отфильтровывает те расшифровки стенограммы, не найденные.

Пример: "replaceTbl.txt"

Типы данных: char | string

Имя FASTA-файла-формата, содержащего геномные последовательности для всех входных отображений, заданных как строка или вектор символов.

Пример: "seqs.fasta"

Типы данных: char | string

Имя файла с разделением табуляцией с дополнительной информацией о каждой входной последовательности, заданной как строка или вектор символов. Этот файл должен иметь три столбца: столбец имени последовательности, столбец длины последовательности и столбец описания последовательности. Если AppendDescription является true, описание последовательности включено как атрибут в файле вывода GFF.

Пример: "seqinfo.txt"

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы декодировать закодированные URL символы в названиях атрибута, заданных как true или false. Например, "transcript%20description" декодируется к "описанию расшифровки стенограммы".

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы использовать GTF-to-GFF3 метод преобразования от Ensembl, заданного как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы включать нерасшифровку стенограммы записи GFF в выходной файл, заданный как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы использовать имя дорожки во втором столбце GFF строка вывода, заданная как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия исходного программного обеспечения запонок, возвращенного как строка.

Пример: "2.2.1"

Типы данных: string

Отметьте, чтобы записать координаты экзона, спроектированные на соединенную последовательность, заданную как true или false. Это свойство применяется только, когда FastaExonsFile или FastaCDSFile заданы.

Пример: true

Типы данных: логический