Exponenta Banner

getCommand

Переведите свойства объектов в исходный синтаксис опций

свернуть все на странице

Синтаксис

S = getCommand(optionsObject)

Описание

пример

S = getCommand(optionsObject) возвращает строку S, представляющий измененные свойства в optionsObject, переведенном в исходный синтаксис (снабженный префиксом одним или двумя тире) [1]. По умолчанию функция переводит только измененные свойства. Однако, если свойство IncludeAll объекта установлено в true, функция переводит все доступные свойства со значениями по умолчанию для незаданных свойств.

Примеры

свернуть все

Создайте объект CufflinksOptions.

Примечание

getCommand также работает над другими связанными с запонками объектами опций, такими как CuffDiffOptions, CuffCompareOptions и CuffQuantOptions. Для полного списка объектов см. optionsObject.

opt = CufflinksOptions;

Измените свойства объектов. В данном примере задайте минимальное среднее покрытие для 3' обрезки конца и измените seed для генератора случайных чисел Запонок.

opt.TrimCoverageThreshold = 5;
opt.Seed = 1;

Получите опции, переведенные в исходный синтаксис.

s = getCommand(opt)
ans =

    "--seed -2.3 --trim-3-avgcov-thresh 5"

Входные параметры

свернуть все

Опции, заданные как CufflinksOptions, CuffCompareOptions, CuffMergeOptions, CuffQuantOptions, CuffDiffOptions, CuffNormOptions или объект CuffGFFReadOptions.

Выходные аргументы

свернуть все

Опции в исходном синтаксисе, возвращенном как строка.

Ссылки

[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.

Смотрите также

| | | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка