Exponenta Banner

cuffgtf2sam

Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM

свернуть все на странице

Синтаксис

cuffgtf2sam(input,output)
cuffgtf2sam(input,output,Name,Value)

Описание

пример

cuffgtf2sam(input,output) преобразовывает собранные расшифровки стенограммы в файле GTF input к SAM-файлу-формата output [1].

cuffgtf2sam требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.

Примечание

cuffgtf2sam поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

cuffgtf2sam(input,output,Name,Value) дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true) вставляет значение FPKM в записи SAM.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте файл GTF в файл SAM.

cuffgtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam')

Входные параметры

свернуть все

Имена входных файлов, заданных как строка, вектор символов, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов.

Пример: 'gyrAB.gtf'

Типы данных: cell | char | string

Выведите имя файла SAM, заданное как строка или вектор символов.

Пример: 'gyrAB.sam'

Типы данных: char | string

Аргументы в виде пар имя-значение

Укажите необязательные аргументы в виде пар ""имя, значение"", разделенных запятыми. Имя (Name) — это имя аргумента, а значение (Value) — соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true)

Имя ссылочного файла FASTA, заданного как строка или вектор символов. Если вы задаете файл FASTA, функция воссоздает последовательности расшифровок стенограммы по сравнению со ссылочными последовательностями в обеспеченном файле FASTA. Если вы не задаете 'ReferenceFASTA', функция не использует информацию о последовательности из файла вывода SAM.

Пример: 'ReferenceFASTA',"ref.fasta"

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы вставить значение FPKM в записи SAM вместо части изоформы, заданной как true или false.

Пример: 'UseFPKM',true

Типы данных: логический

Ссылки

[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.

[2] Литий, H., Б. Хэндсэкер, А. Визокер, Т. Феннелл, Цз. Жуань, Н. Гомер, Г. Март, А. Гонкэло и Р. Дербин. 2009. Sequence Alignment / формат Карты и SAMtools. Биоинформатика 25 (16): 2078–2079.

Смотрите также

| | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка