emblread

Считайте данные из файла EMBL

свернуть все на странице

Синтаксис

EMBLData = emblread(File)
EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue)

Входные параметры

File

Любое из следующего:

  • Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является EMBL-отформатированным файлом. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в Текущей папке MATLAB.

  • Вектор символов или строка, которая содержит текст EMBL-отформатированного файла

Совет

Можно использовать функцию getembl со свойством 'ToFile' получить данные от базы данных European Molecular Biology Laboratory (EMBL) и создать EMBL-отформатированный файл.

SequenceOnlyValueУправляет чтением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

EMBLData Структура с полями, соответствующими данным EMBL.
EMBLSeqВектор символов, представляющий последовательность.

Описание

EMBLData = emblread(File) считывает данные из File, EMBL-отформатированного файла, и создает EMBLData, структура MATLAB, содержащая поля, соответствующие 2D символьному коду типа строки EMBL, на основе релиза 107 формата плоского файла EMBL-Bank. Каждый код типа строки хранится как отдельный элемент в структуре. Для списка 2D символьных кодов типа строки EMBL см. ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/usrman.txt.

Примечание

Информация о топологии не была включена в плоские файлы EMBL перед релизом 87 базы данных. При чтении файла, созданного перед релизом 87, EMBLREAD возвращает пустое поле Identification.Topology.

Примечание

Имя записи больше не отображается в строке ID плоских файлов EMBL в релизе 87. При чтении файла, созданного в релизе 87, EMBLREAD возвращает инвентарный номер в поле Identification.EntryName.

EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue) управляет чтением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примеры

свернуть все

Открыть скрипт

Загрузите информацию о последовательности с сети и сохраните в файл.

out = getembl('X00558','ToFile','rat_protein.txt');

Считайте данные из файла EMBL.

seqData = emblread('rat_protein.txt')

seqData = 

  struct with fields:

            Identification: [1×1 struct]
                 Accession: 'X00558'
           SequenceVersion: 'X00558.1'
               DateCreated: '13-JUN-1985  Rel. 06, Created '
               DateUpdated: '18-APR-2005  Rel. 83, Last updated, Version 4 '
               Description: 'Rat liver apolipoprotein A-I mRNA  apoA-I    ...'
                   Keyword: 'apolipoprotein; lipoprotein; signal peptide. ...'
           OrganismSpecies: 'Rattus norvegicus  Norway rat                ...'
    OrganismClassification: [3×75 char]
                 Organelle: ''
                 Reference: {[1×1 struct]}
    DatabaseCrossReference: [4×75 char]
                  Comments: ''
                  Assembly: ''
                   Feature: [22×75 char]
                 BaseCount: [1×1 struct]
                  Sequence: 'agctccgggggaggtcgcccacatccttcgggatgaaagctgcag...'

Смотрите также

| | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте