Получите информацию о последовательности из базы данных EMBL
EMBLData = getembl(AccessionNumber)
EMBLData = getembl(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)
EMBLSeq = getembl(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)
AccessionNumber | Уникальный идентификатор для записи последовательности. Введите уникальную комбинацию букв и чисел. |
ToFileValue | Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, к которому можно сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл хранится в текущей папке. |
SequenceOnlyValue | Управляет получением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
EMBLData | Структура MATLAB® с полями, соответствующими данным EMBL. |
EMBLSeq | Вектор символов MATLAB, представляющий последовательность. |
getembl получает информацию из базы данных European Molecular Biology Laboratory (EMBL) для последовательностей нуклеотида. Эта база данных сохраняется Европейским институтом биоинформатики (EBI). Для получения дополнительной информации о базе данных EMBL, смотрите
EMBLData = getembl(AccessionNumber)https://www.ebi.ac.uk/) и возвращают EMBLData, структуру MATLAB с полями, соответствующими 2D символьному коду типа строки EMBL. Каждый код типа строки хранится как отдельный элемент в структуре.
EMBLData содержит следующие поля.
| Поле |
|---|
Identification |
Accession |
SequenceVersion |
DateCreated |
DateUpdated |
Description |
Keyword |
OrganismSpecies |
OrganismClassification |
Organelle |
Reference |
DatabaseCrossReference |
Comments |
Assembly |
Feature |
BaseCount |
Sequence |
EMBLData = getembl(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) getembl с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет информацию к EMBL-отформатированному файлу. EMBLData = getembl(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue является вектором символов, задающим имя файла или путь и имя файла, к которому можно сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл хранится в текущей папке.
Считайте EMBL-отформатированный файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью функции emblread.
EMBLSeq = getembl(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Получите данные для аполипопротеина печени крысы A-I.
emblout = getembl('X00558')
Получите данные для аполипопротеина печени крысы A-I и сохраните его в файл rat_protein. Если вы задаете имя файла без пути, файл хранится в текущей папке.
emblout = getembl('X00558','ToFile','c:\project\rat_protein.txt')
Получите только последовательность для аполипопротеина печени крысы A-I.
Seq = getembl('X00558','SequenceOnly',true)
emblread | getgenbank | getgenpept | getpdb | seqviewer