Вычислите свойства последовательности олигонуклеотида DNA
SeqProperties = oligoprop(SeqNT)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Salt', SaltValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Temp', TempValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Primerconc', PrimerconcValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPBase', HPBaseValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPLoop', HPLoopValue, ...)
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Dimerlength', DimerlengthValue, ...)
SeqNT | Последовательность олигонуклеотида DNA, представленная любым следующим:
|
SaltValue | Значение, которое задает соленую концентрацию при родинках/литр для расчетов температуры плавления. Значением по умолчанию являются родинки/литр 0.05. |
TempValue | Значение, которое задает температуру, в градусах Цельсия для вычислений ближайшего соседа свободной энергии. Значением по умолчанию являются градусы Цельсия 25. |
PrimerconcValue | Значение, которое задает концентрацию при родинках/литр для расчетов температуры плавления. Значением по умолчанию являются родинки/литр 50e-6. |
HPBaseValue | Значение, которое задает минимальное количество парных основ, которые формируют шею шпильки. Значением по умолчанию являются пары оснований 4. |
HPLoopValue | Значение, которое задает минимальное количество основ, которые формируют цикл шпильки. Значением по умолчанию являются основы 2. |
DimerlengthValue | Значение, которое задает минимальное количество выровненных основ между последовательностью и ее реверсом. Значением по умолчанию являются основы 4. |
SeqProperties | Структура, содержащая свойства последовательности для олигонуклеотида DNA. |
SeqProperties = oligoprop(SeqNT)
| Поле | Описание |
|---|---|
GC | Содержимое GC процента для олигонуклеотида DNA. Неоднозначные символы N в SeqNT, как рассматривается, потенциально являются любым нуклеотидом. Если SeqNT содержит неоднозначные символы N, GC является значением средней точки, и его неуверенность выражается GCdelta. |
GCdelta | Различие между GC (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение GC могло принять. Максимальные и минимальные значения вычисляются путем предположения, что все символы N являются G/C или не G/C, соответственно. Поэтому GCdelta задает возможную область значений содержимого GC. |
Hairpins | H-by-SeqNT. Каждая строка является потенциальной структурой шпильки последовательности с нуклеотидами формирования шпильки, определяемыми прописными буквами. H является количеством потенциальных структур шпильки для последовательности. Неоднозначные символы N в SeqNT, как рассматривается, потенциально дополняют любой нуклеотид. |
Dimers | D-by-SeqNT. Каждая строка является потенциальным димером последовательности с самодимеризирующимися нуклеотидами, определяемыми прописными буквами. D является количеством потенциальных димеров для последовательности. Неоднозначные символы N в SeqNT, как рассматривается, потенциально дополняют любой нуклеотид. |
MolWeight | Молекулярная масса олигонуклеотида DNA. Неоднозначные символы N в SeqNT, как рассматривается, потенциально являются любым нуклеотидом. Если SeqNT содержит неоднозначные символы N, MolWeight является значением средней точки, и его неуверенность выражается MolWeightdelta. |
MolWeightdelta | Различие между MolWeight (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение MolWeight могло принять. Максимальные и минимальные значения вычисляются путем предположения, что всеми символами N является G или C, соответственно. Поэтому MolWeightdelta задает возможную область значений молекулярной массы для SeqNT. |
Tm | Вектор со значениями температуры плавления, в градусах Цельсия, вычисленными шестью различными методами, перечисленными в следующем порядке:
Неоднозначные символы |
Tmdelta | Вектор, содержащий различия между Tm (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение Tm, мог принять для каждого из этих шести методов. Поэтому Tmdelta задает возможную область значений температур плавления для SeqNT. |
Thermo |
Строки соответствуют параметрам ближайшего соседа от:
Столбцы соответствуют:
N в SeqNT, как рассматривается, потенциально являются любым нуклеотидом. Если SeqNT содержит неоднозначные символы N, Thermo является значением средней точки, и его неуверенность выражается Thermodelta. |
Thermodelta | 4-by-3 матрица, содержащая различия между Thermo (значение средней точки) и или максимальное или минимальное значение Thermo, мог принять для каждого вычисления и метода. Поэтому Thermodelta задает возможную область значений термодинамических значений для SeqNT. |
SeqProperties = oligoprop(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) oligoprop с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает соленую концентрацию при родинках/литр для расчетов температуры плавления. Значением по умолчанию являются родинки/литр SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Salt', SaltValue, ...)0.05.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Temp', TempValue, ...)25.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Primerconc', PrimerconcValue, ...)50e-6.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPBase', HPBaseValue, ...)4.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'HPLoop', HPLoopValue, ...)2.
SeqProperties = oligoprop(SeqNT,
...'Dimerlength', DimerlengthValue, ...)4.
Создайте случайную последовательность.
seq = randseq(25) seq = TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA
Вычислите свойства последовательности последовательности.
S1 = oligoprop(seq)
S1 =
GC: 36
GCdelta: 0
Hairpins: [0x25 char]
Dimers: 'tAGCTtcatcgttgacttctactaa'
MolWeight: 7.5820e+003
MolWeightdelta: 0
Tm: [52.7640 60.8629 62.2493 55.2870 54.0293 61.0614]
Tmdelta: [0 0 0 0 0 0]
Thermo: [4x3 double]
Thermodelta: [4x3 double]Перечислите термодинамические вычисления для последовательности.
S1.Thermo ans = -178.5000 -477.5700 -36.1125 -182.1000 -497.8000 -33.6809 -190.2000 -522.9000 -34.2974 -191.9000 -516.9000 -37.7863
Вычислите свойства последовательности последовательности ACGTAGAGGACGTN.
S2 = oligoprop('ACGTAGAGGACGTN')
S2 =
GC: 53.5714
GCdelta: 3.5714
Hairpins: 'ACGTagaggACGTn'
Dimers: [3x14 char]
MolWeight: 4.3329e+003
MolWeightdelta: 20.0150
Tm: [38.8357 42.2958 57.7880 52.4180 49.9633 55.1330]
Tmdelta: [1.4643 1.4643 10.3885 3.4633 0.2829 3.8074]
Thermo: [4x3 double]
Thermodelta: [4x3 double]
Перечислите потенциальные димеры для последовательности.
S2.Dimers ans = ACGTagaggacgtn ACGTagaggACGTn acgtagagGACGTN
[1] Breslauer, K.J., Франк, R., Blöcker, H. и Marky, Лос-Анджелес (1986). Предсказание устойчивости двойной спирали ДНК от последовательности оснований. Продолжения Национальной Академии наук США 83, 3746–3750.
[2] Чен, S.H., Лин, C.Y., Чо, C.S., Ло, C.Z., и Сюн, C.A. (2003). Ассистент проекта краткой информации (PDA): веб-Design Tool краткой информации. Исследование Нуклеиновых кислот 31 (13), 3751–3754.
[3] Howley, пополудни, Израиль, M.A., Закон, M., и Мартин, M.A. (1979). Быстрый метод для обнаружения и отображения гомологии между несоответствующими ДНК. Оценка полиомавирусных геномов. Журнал Биологической Химии 254 (11), 4876–4883.
[4] Marmur, J., и Гнилой, P. (1962). Определение основного состава дезоксирибонуклеиновой кислоты от ее тепловой температуры денатурации. Журналируйте Молекулярную биологию 5, 109–118.
[5] Панйкович, A. и Мело, F. (2005). Сравнение различных методов расчета температуры плавления для коротких последовательностей DNA. Биоинформатика 21 (6), 711–722.
[6] SantaLucia младший, J., Аллави, H.T., и Seneviratne, P.A. (1996). Улучшенные параметры ближайшего соседа для предсказания устойчивости двойной спирали ДНК. Биохимия 35, 3555–3562.
[7] SantaLucia младший, J. (1998). Объединенное представление полимера, гантели и DNA олигонуклеотида термодинамика ближайшего соседа. Продолжения Национальной Академии наук США 95, 1460–1465.
[8] Sugimoto, N., Nakano, S., Yoneyama, M. и Honda, K. (1996). Улучшенные термодинамические параметры и спиральный фактор инициирования, чтобы предсказать устойчивость двойных спиралей ДНК. Исследование Нуклеиновых кислот 24 (22), 4501–4505.
[9] http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html для вычислений веса.