Найдите палиндромы в последовательности
[Position, Length]
= palindromes(SeqNT)
[Position, Length, Pal]
= palindromes(SeqNT)
... = palindromes(SeqNT,
..., 'Length', LengthValue, ...)
... = palindromes(SeqNT,
..., 'Complement', ComplementValue, ...)
SeqNT | Одно из следующего:
|
LengthValue | Целое число, задающее минимальную длину для палиндромов. Значением по умолчанию является 6. |
ComplementValue | Управляет возвратом дополнительных палиндромов, то есть, где элементы совпадают со своими дополнительными парами A-T (или U) и C-G вместо точного соответствия нуклеотида. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
[ находит все палиндромы в последовательности Position, Length]
= palindromes(SeqNT)SeqNT с длиной больше, чем или равный 6 и возвращает начальные значения индекса, Position и длины палиндромов, Length.
[ также возвращает массив ячеек, Position, Length, Pal]
= palindromes(SeqNT)Pal, палиндромов.
... = palindromes(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) palindromes с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = palindromes( находит все палиндромы дольше, чем или равный SeqNT,
..., 'Length', LengthValue, ...)LengthValue. Значением по умолчанию является 6.
... = palindromes( управляет возвратом дополнительных палиндромов, то есть, где элементы совпадают со своими дополнительными парами SeqNT,
..., 'Complement', ComplementValue, ...)A-T (или A-U) и C-G вместо точного соответствия нуклеотида. Выбором для ComplementValue является true или false (значение по умолчанию).
Найдите палиндромы в простой последовательности нуклеотида.
[p,l,s] = palindromes('GCTAGTAACGTATATATAAT')
p =
11
12
l =
7
7
s =
'TATATAT'
'ATATATA'
Найдите дополнительные палиндромы в простой последовательности нуклеотида.
[pc,lc,sc] = palindromes('TAGCTTGTCACTGAGGCCA',... 'Complement',true) pc = 8 lc = 7 sc = 'TCACTGA'
Найдите палиндромы в случайной последовательности нуклеотида.
a = randseq(100)
a =
TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA
AAGCAAGCTCCTGAGTAGCTGGCCA
AGCGAGCTTGCTTGTGCCCGGCTGC
GGCGGTTGTATCCTGAATACGCCAT
[pos,len,pal]=palindromes(a)
pos =
74
len =
6
pal =
'GCGGCG'
regexp | seqcomplement | seqrcomplement | seqreverse | seqshowwords | strfind