Считайте количество случаев слова в последовательности
seqwordcount(Seq, Word)
Seq | Вектор символов или строка, содержащая нуклеотид или последовательность аминокислот. Можно также ввести структуру с полем |
Word | Введите короткую последовательность символов. |
seqwordcount( считает число раз, что слово появляется в последовательности, и затем возвращает количество случаев того слова.Seq, Word)
Если Word содержит нуклеотид или символы аминокислоты, которые представляют несколько возможных символов (неоднозначные символы), то seqwordcount считает все соответствия. Например, символ R представляет или G или A (пурины). Для другого примера, если word равняется 'ART', то случаи количеств seqwordcount обоих 'AAT' and 'AGT'.
seqwordcount не считает перекрывающиеся шаблоны многократно. В следующем примере seqwordcount сообщает о трех соответствиях. TATATATA считается как два отличных соответствия, не три перекрывающихся случаев.
seqwordcount('GCTATAACGTATATATAT','TATA') ans = 3
Следующий пример сообщает о двух соответствиях ('TAGT' и 'TAAT'). B является неоднозначным кодом для G, T или C, в то время как R является неоднозначным кодом для G и A.
seqwordcount('GCTAGTAACGTATATATAAT','BART') ans = 2
codoncount | seq2regexp | seqshoworfs | seqshowwords | seqviewer | strfind
