Считайте кодоны в последовательности нуклеотида
Codons = codoncount(SeqNT)
[Codons, CodonArray] =
codoncount(SeqNT)
... = codoncount(SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'Figure', FigureValue, ...)
... = codoncount(SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
SeqNT | Одно из следующего:
Примеры: |
FrameValue | Целое число, задающее рамку считывания в последовательности нуклеотида. Выбором является |
ReverseValue | Средства управления возврат кодона значат противоположную дополнительную последовательность последовательности нуклеотида, заданной |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать кодоны, содержащие неоднозначные символы нуклеотида (
|
FigureValue | Управляет отображением карты тепла количеств кодона. Выбором является |
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является СоветЕсли вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени. |
Codons | Структура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA, AAC, AAG..., TTG, TTT), которые содержат количества кодона в SeqNT. |
CodonArray | 4 массивом 4 на 4, содержащим необработанные данные о количестве для каждого кодона. Три измерения соответствуют этим трем положениям в кодоне, и индексы к каждому элементу представлены 1 = A, 2 = C, 3 = G и 4 = T. Например, элемент (2,3,4) в массиве содержит количество кодонов CGT. |
Codons = codoncount(SeqNT)SeqNT, последовательности нуклеотида, и возвращает количества кодона в Codons, структура MATLAB, содержащая поля для 64 возможных кодонов (AAA, AAC, AAG..., TTG, TTT).
Для последовательностей, которые имеют кодоны, содержащие символьный U, эти кодоны добавляются к соответствующим кодонам, содержащим T.
Если последовательность содержит разрывы, обозначенные дефисом (-), то кодоны, содержащие разрывы, проигнорированы.
Если последовательность содержит нераспознанные символы, то кодоны, содержащие эти символы, проигнорированы, и следующее предупреждающее сообщение появляется:
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
[ возвращает Codons, CodonArray] =
codoncount(SeqNT)CodonArray, 4 массивом 4 на 4, содержащим необработанные данные о количестве для каждого кодона. Три измерения соответствуют этим трем положениям в кодоне, и индексы к каждому элементу представлены 1 = A, 2 = C, 3 = G и 4 = T. Например, элемент (2,3,4) в массиве содержит количество кодонов CGT.
... = codoncount(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) codoncount с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = codoncount( считает кодоны в рамке считывания заданными SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)FrameValue, который может быть 1 (значение по умолчанию), 2 или 3.
... = codoncount( средства управления возврат кодона значат противоположную дополнительную последовательность SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)SeqNT. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
... = codoncount( задает, как обработать кодоны, содержащие неоднозначные символы нуклеотида. Выбор:SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
'ignore' (значение по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'warn'
... = codoncount( управляет отображением карты тепла количеств кодона. Выбором является SeqNT,
...'Figure', FigureValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
... = codoncount( управляет наложением сетки на фигуре карты тепла. Сетка группирует синонимичные кодоны согласно SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)GeneticCodeValue.
seq = randseq(1000); codons = codoncount(seq)
codons = struct with fields:
AAA: 11
AAC: 5
AAG: 8
AAT: 6
ACA: 6
ACC: 7
ACG: 4
ACT: 7
AGA: 6
AGC: 9
AGG: 5
AGT: 2
ATA: 6
ATC: 4
ATG: 4
ATT: 6
CAA: 3
CAC: 5
CAG: 7
CAT: 10
CCA: 5
CCC: 4
CCG: 8
CCT: 5
CGA: 7
CGC: 6
CGG: 5
CGT: 5
CTA: 4
CTC: 7
CTG: 4
CTT: 5
GAA: 5
GAC: 6
GAG: 5
GAT: 4
GCA: 3
GCC: 2
GCG: 8
GCT: 5
GGA: 6
GGC: 7
GGG: 10
GGT: 4
GTA: 2
GTC: 6
GTG: 5
GTT: 2
TAA: 2
TAC: 4
TAG: 1
TAT: 4
TCA: 6
TCC: 2
TCG: 5
TCT: 5
TGA: 4
TGC: 1
TGG: 5
TGT: 8
TTA: 6
TTC: 1
TTG: 8
TTT: 5
Считайте кодоны во втором кадре для противоположного дополнения последовательности.
r2codons = codoncount(seq,'Frame',2,'Reverse',true)
r2codons = struct with fields:
AAA: 5
AAC: 2
AAG: 5
AAT: 6
ACA: 8
ACC: 4
ACG: 5
ACT: 2
AGA: 5
AGC: 5
AGG: 5
AGT: 7
ATA: 4
ATC: 4
ATG: 10
ATT: 6
CAA: 8
CAC: 5
CAG: 4
CAT: 4
CCA: 5
CCC: 10
CCG: 5
CCT: 5
CGA: 5
CGC: 8
CGG: 8
CGT: 4
CTA: 1
CTC: 5
CTG: 7
CTT: 8
GAA: 1
GAC: 6
GAG: 7
GAT: 4
GCA: 1
GCC: 7
GCG: 6
GCT: 9
GGA: 2
GGC: 2
GGG: 4
GGT: 7
GTA: 4
GTC: 6
GTG: 5
GTT: 5
TAA: 6
TAC: 2
TAG: 4
TAT: 6
TCA: 4
TCC: 6
TCG: 7
TCT: 6
TGA: 6
TGC: 3
TGG: 5
TGT: 6
TTA: 2
TTC: 5
TTG: 3
TTT: 11
Создайте карту тепла кодонов и наложите сетку, которая группирует синонимичные кодоны согласно стандартному генетическому коду.
codoncount(seq,'Figure', true);AAA - 11 AAC - 5 AAG - 8 AAT - 6 ACA - 6 ACC - 7 ACG - 4 ACT - 7 AGA - 6 AGC - 9 AGG - 5 AGT - 2 ATA - 6 ATC - 4 ATG - 4 ATT - 6 CAA - 3 CAC - 5 CAG - 7 CAT - 10 CCA - 5 CCC - 4 CCG - 8 CCT - 5 CGA - 7 CGC - 6 CGG - 5 CGT - 5 CTA - 4 CTC - 7 CTG - 4 CTT - 5 GAA - 5 GAC - 6 GAG - 5 GAT - 4 GCA - 3 GCC - 2 GCG - 8 GCT - 5 GGA - 6 GGC - 7 GGG - 10 GGT - 4 GTA - 2 GTC - 6 GTG - 5 GTT - 2 TAA - 2 TAC - 4 TAG - 1 TAT - 4 TCA - 6 TCC - 2 TCG - 5 TCT - 5 TGA - 4 TGC - 1 TGG - 5 TGT - 8 TTA - 6 TTC - 1 TTG - 8 TTT - 5
aacount | basecount | baselookup | codonbias | dimercount | nmercount | ntdensity | seqcomplement | seqrcomplement | seqreverse | seqwordcount