seqshoworfs
Отобразите открытые рамки считывания в последовательности
Синтаксис
seqshoworfs(SeqNT)
seqshoworfs(SeqNT,
...'Frames', FramesValue, ...)
seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
seqshoworfs(SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...)
seqshoworfs(SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...)
seqshoworfs(SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...)
seqshoworfs(SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...)
Аргументы
SeqNT | Последовательность нуклеотида. Введите или вектор символов или строку с |
FramesValue | Свойство выбрать кадр. Введите |
GeneticCodeValue | Имя генетического кода. Введите номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. |
MinimumLengthValue | Свойство определить минимальный номер кодонов в ORF. |
AlternativeStartCodonsValue | Свойство управлять использующими альтернативными кодонами запуска. Введите или |
ColorValue | Цвет, чтобы подсветить рамку считывания. Задайте одно из следующего:
Например, чтобы использовать голубой, введите Чтобы задать различные цвета для этих трех рамок считывания, используйте Схема цвета по умолчанию является синей для кадра первого чтения, красной для второго, и зеленая для третьего. |
ColumnsValue | Свойство задать количество столбцов в выводе. |
Генетический код
| Номер кода | Кодовое название |
|---|---|
| 1 | Standard |
| 2 | Vertebrate Mitochondrial |
| 3 | Yeast Mitochondrial |
| 4 | Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial и Mycoplasma/Spiroplasma |
| 5 | Invertebrate Mitochondrial |
| 6 | Ciliate, Dasycladacean и Hexamita Nuclear |
| 9 | Echinoderm Mitochondrial |
| 10 | Euplotid Nuclear |
| 11 | Bacterial и Plant Plastid |
| 12 | Alternative Yeast Nuclear |
| 13 | Ascidian Mitochondrial |
| 14 | Flatworm Mitochondrial |
| 15 | Blepharisma Nuclear |
| 16 | Chlorophycean Mitochondrial |
| 21 | Trematode Mitochondrial |
| 22 | Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
| 23 | Thraustochytrium Mitochondrial |
Описание
seqshoworfs идентифицирует и подсвечивает все открытые рамки считывания с помощью стандарта или альтернативного генетического кода.
seqshoworfs( отображает последовательность со всеми открытыми рамками считывания, подсвеченными, и она возвращает структуру запуска и положений остановки для каждого ORF в каждой рамке считывания. Стандартный генетический код используется с кодоном запуска SeqNT)'AUG' и кодоны остановки 'UAA', 'UAG' и 'UGA'.
seqshoworfs(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) seqshoworfs с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
seqshoworfs( задает рамки считывания, чтобы отобразиться. Значение по умолчанию должно отобразить первые, вторые, и третьи рамки считывания с ORFs, подсвеченным в каждом кадре.SeqNT,
...'Frames', FramesValue, ...)
seqshoworfs( задает генетический код, чтобы использовать для нахождения открытых рамок считывания.SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
seqshoworfs( определяет минимальный номер кодонов для ORF, который будет рассмотрен допустимым. Значением по умолчанию является SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...)10.
seqshoworfs( использует альтернативные кодоны запуска, если SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...)AlternativeStartCodons установлен в true. Например, в человеческом митохондриальном генетическом коде, AUA и AUU, как известно, являются альтернативными кодонами запуска. Для получения дополнительной информации на альтернативных кодонах запуска, смотрите
seqshoworfs( указывает, что цвет раньше подсвечивал открытые рамки считывания в выходном отображении. Схема цвета по умолчанию является синей для кадра первого чтения, красной для второго, и зеленая для третьего. SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...)
seqshoworfs( задает сколько столбцов на строку, чтобы использовать в выводе. Значением по умолчанию является SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...)64.
Примеры
Отобразите открытые рамки считывания в случайной последовательности нуклеотида.
s = randseq(200, 'alphabet', 'dna'); seqshoworfs(s);
Отобразите открытые рамки считывания в последовательности GenBank®.
HLA_DQB1 = getgenbank('NM_002123');
seqshoworfs(HLA_DQB1.Sequence);
Больше о
Смотрите также
codoncount | cpgisland | geneticcode | regexp | seqdisp | seqshowwords | seqviewer | seqwordcount