Можно использовать набор методов анализа белка извлечь информацию от данных. Можно определить характеристики белка и моделировать реакции разламывания фермента. Тулбокс обеспечивает функции, чтобы вычислить различные свойства последовательности белка, такие как атомарный состав (atomiccomp), молекулярная масса (molweight) и изоэлектрическая точка (isoelectric). Можно расколоть белок с ферментом (cleave, rebasecuts) и создать расстояние и графики Ramachandran для данных PDB (pdbdistplot, ramachandran). Тулбокс содержит графический интерфейс пользователя для анализа белка (proteinplot) и графический вывод 3-D белка и других молекулярных структур с информацией из файлов модели молекулы, таких как файлы PDB (molviewer).
Утилиты последовательности аминокислот — Вычисляют статистику аминокислоты для последовательности (aacount) и получают информацию о кодах символов (aminolookup).